它描述了克勞德，在離開神羅公司之後。加入了巴雷特和蒂芙尼領導的雪崩組織。然而，在反抗羅神的同時，他們也發現，有壹股不知名的力量正從羅神的內部慢慢瓦解，這純粹是在動，在慢慢侵蝕這個世界...只有克勞德明白這種令人窒息的感覺只來自壹個人...薩菲羅斯。....
薩菲羅斯回來了。他是尼布爾海姆事件後消失的英雄，克勞德對他壹直是又敬又恨。正是在5年前克勞德的家鄉尼布爾的海姆，薩菲羅斯和克勞德壹夥最初是在調查魔法爐泄漏導致的周邊地區怪物的發生...沒想到薩菲羅斯無意間在神羅公館的地下室發現了壹個秘密，發現尼布爾海姆的怪物泛濫，是因為那裏的魔法烤箱裏的收集器是黑暗之源“Genova”，發現自己被神羅公司用“Genova”制造出來。薩菲羅斯——當露迪雅懷孕時，薩菲羅斯在體內伴隨著熱那亞長大。雖然在生理上他是寶條和盧克麗霞的孩子，但從規劃上看，薩菲羅斯是壹個人工創造的“古老物種”熱那亞，或者說是“熱那亞之子”。作為熱那亞的兒子，來自天堂的災難，所有黑暗的來源，薩菲羅斯決心摧毀世界，他做的第壹件事是...拉澤·尼布爾·海姆...克勞德壹個接壹個地看著他的村民。在他壹直敬仰的大英雄的劍下，他無能為力，眼睜睜地看著薩菲羅斯帶著熱那亞的頭顱消失在火焰中...這壹次，從薩菲羅斯回來的克勞德決定組織薩菲羅斯的計劃！我們不能讓尼布爾海姆的悲劇再次發生！
於是克勞德和他的小組在考試中壹步步追蹤薩菲羅斯，期間還結交了新戰友:尤菲、文森特、魚叉大叔、貓和會說話的狗。其間，我也遇到了愛麗絲，在愛麗絲和克勞德之間，我也產生了愛情的感覺~作為這個星球上僅存的“遠古物種”，這個星球上最原始的居民擁有與星球交流的能力，愛麗絲洞察到了薩菲羅斯的野心。為了阻止薩菲羅斯，找到生命之源，愛麗絲在“被遺忘之城”被薩菲羅斯的二重身殺死，並把薩菲羅斯引到愛麗絲身邊。原來，在尼布爾海姆事件中，克勞德作為壹名普通士兵，被薩菲羅斯刺傷胸部。包醫生把他接回來，給他植入“Genova”細胞，讓他成為薩菲羅斯的壹員！克勞德看著愛人在被遺忘的首都永遠沈淪，自己卻是“熱那亞”的碎片之壹。克勞德徹底崩潰了。與此同時，塞菲洛斯正在用壹種在遠古物種間流傳的魔法，召喚漂浮物墜落地面的極端毀滅魔法，即黑魔法隕石星球毀滅後，星球的生命——精神能量會集中在那裏修復創傷。薩菲羅斯的計劃正是利用了這壹點，故意毀滅星球，然後將能量據為己有。