其中最著名的是獵巫運動，發生在15世紀末到17世紀。那段時期，戰火席卷歐洲，無論是宗教還是世俗的司法機關都下大力氣抓捕所謂的“女巫”，然後用不合理的秘密審判、證據規則和嚴厲的懲罰，輕而易舉地將人定罪。在這場恐怖的運動中，女性是最大的受害者，數以千計的無辜女性被判定為“女巫”，被綁在火刑柱上燒死。
雖然從羅馬時代開始，天主教會就壹直在鎮壓所謂的“異端邪說”，但在15至17世紀的歐洲社會，各個階層，無論世俗政權還是教會，都瘋狂地迷戀於施行巫術、以傷害他人為樂的男女巫師的存在，進而展開了大規模的“獵巫運動”，這還是有歷史背景和壹定原因的。許多人認為獵巫運動與中世紀晚期社會制度的崩潰和近代早期宗教信仰的改變有關。
第壹次大規模獵巫運動
第壹次大規模獵巫運動發生在1480年至1520年之間。這時，宗教裁判所負責追捕女巫。獵巫的號角始於1484年教皇英諾森八世頒布敕令“summis desiderantes affectibus”，可視為具有法律約束力的獵巫敕令。頒布這壹法令是因為兩名宗教裁判官在上日耳曼地區追捕異教徒時發現了巫術，但當地官員不配合追捕，於是教會頒布了這壹法令，以壓制巫術，擴大宗教裁判官追捕女巫的權限。此外，1487年，Insti Daoli和Spelungi兩位宗教裁判官合著了《malleus maleficarum》，為迫害巫師立下了汗馬功勞。這本書是為宗教裁判官寫的，教他們如何偵破女巫的罪行，並提供鎮壓巫術的理由。書上說女巫分為兩類，壹類只是占蔔占蔔，輕解其罪；另壹類人背棄上帝，侍奉魔鬼，不僅危害人類，還建立了魔鬼的事業，犯下了嚴重的宗教罪行。這和信“不純”的人，渾渾噩噩地犯罪是不壹樣的。這些女巫不需要寬大，可以判火刑。如果他們有悔改之意，法庭可以更寬大，先絞死或吊死女巫，再處以火刑。這本書還描述了背對上帝的女巫，經常是在半夜，在她們身上塗上特殊的藥膏，並裸體騎著女巫去特定的地方參加女巫的安息日。作為《malleus maleficarum》的作者之壹，Spelungi是壹位享有盛譽的學者，在知識界和宗教界都有權威，這使得這本書更有影響力。從1487到1669重印了29次，直到17世紀仍是獵殺女巫的基本手冊。補充說明:所謂“女巫與魔鬼俱樂部”，是指巫師與撒旦、魔鬼的聚會。根據魔鬼專家和女巫的懺悔描述，其儀式是模仿天主教教義但順序顛倒的彌撒。女巫和惡魔跳舞，盛宴，在會上吃小孩，最後惡魔會變成惡魔。在女巫睡覺的時候和她們濫交並不好玩，但是因為她們的體液和魔鬼性交也不好玩。
最大的政治迫害。
1580年到1670年，鎮壓巫術達到高潮，掀起了最大規模的獵巫運動。此時的追逃活動逐漸被世俗法庭接管，鎮壓更加嚴厲，迫害的人也比上壹波多。當時法蘭西王國和日耳曼帝國的南部是狩獵最暴力的地方。比如1575到1590年期間，時任法國洛林宗教法庭庭長的雷米燒死了900名巫師。與此同時，各國的法官、學者等精英也在爭先恐後地發表關於妖魔化的論文，為政治迫害提供“學術依據”。比如讓·博丹，當代著名的政治理論家和人文主義者，在1580出版了壹本書《巫師的魔法技術》，為他帶來了更大的聲望，洛林省的雷米總統也在1599出版了這本書。