東漢劉向、劉欣、王充的“正統”觀點認為，《山海經》是大禹、伯夷所作，但人們在《山海經》中發現了大禹、伯夷之後的史實，於是“禹與之說”受到質疑。此後隋朝的顏之推雖然堅持舊論，要掩蓋難以掩蓋的漏洞，卻不得不用“後人墜入其中，非此篇”作為掩飾。因此，《山海經》作者成為眾多學者考證的對象，各種假說層出不窮，如“簡毅左說”；《鄒衍說》；後人綜合了炎黃民族的傳說。南楚人說；巴蜀人說話；早期的煉金術士說，等等。當代學者袁珂認為，《山海經》實際上是壹個佚名之人的作品，並不是壹個人壹次寫出來的。以上說法雖有不同，但都肯定了《山海經》的作者來自中國。
然而耐人尋味的是，關於《山海經》作者的爭論並不止於此。壹些學者，尤其是國外學者，對《山海經》的內容進行了細致的分析和研究，並把追溯作者的視角擴展到國外，得出了令人驚訝的結論。他們說《山海經》不是中國人寫的，真正的作者很可能是外國人。這種說法就像《山海經》裏的離奇神話，令人大開眼界！那麽，他們得出這個結論的依據是什麽呢？法國漢學家馬伯樂認為，《山海經》所描述的地理系統受到了公元前5世紀來自外部的印度和伊朗文化潮流的刺激和影響。言下之意，《山海經》的作者可能是印度人，也可能是伊朗人。港學者衛聚賢在《古代史研究》中進壹步澄清《山海經》的作者是印度人隋朝子。
當《屈原》和《九歌》的作者蘇(65438-0978年在臺北出版)提到《山海經》時，他把作者的疆域進壹步向西推到巴比倫。在他看來，《山海經》是壹本關於阿拉伯半島兩河流域的地理書，最初是巴比倫人寫的，戰國時期由波斯人帶到中國，其中壹些關於中國地理的內容是後人夾雜進去的。他還認為《山海經》也可能是鄒衍的講義，是他的弟子們記錄的，而不是壹個人。
還有壹些歐洲學者將《山海經》中記載的內容與希臘神話進行對比，認為書中的長耳朵、怪股、三腳等奇形怪狀的人物與希臘神話中的妖怪十分相似。此外，美國學者還認為《山海經》對美洲大陸有準確的描述，如《海外東經》、《野東經》中描述的“光華谷”，與美國科羅拉多大峽谷有驚人的相似；《東山經》生動準確地描述了內華達州的黑石和金塊，舊金山灣的海豹，以及會裝死的美洲負鼠。也有研究者根據《山海經》指示的路線考察過美洲大陸，發現兩者之間有非常壹致的地理現象。從這些歐美學者的考證來看，《山海經》的寓意好像又是希臘人或者美國人寫的！
對《山海經》作者的爭議，從壹個側面反映出這本書在歷史、地理、文學、動物學、植物學等諸多領域都具有極其重要的學術價值和地位。有些研究者從中國境外尋找作者，雖然顯得牽強附會，難免嘩眾取寵，但不乏真知灼見。究其原因，其實是由《山海經》所涵蓋的驚人的廣度、復雜性和包羅萬象的內容所造成的，導致研究者得出了人們眾說紛紜的結論。所以，要徹底解開這個謎團，還需要時間。現在看來，歷史學家淩春生的觀點可能更符合現實，即《山海經》是壹部以中國為中心，東西太平洋，南至南海諸島，西至西南亞，北至西伯利亞的古亞洲地理。它描述了古代亞洲的地理、自然歷史、民族、宗教等許多有價值的資料，其作者可能難以確認。