中華人民***和國成立後，浙東運河經歷了數次整治，疏浚航道，同時新增附屬設施，以便利運輸和灌溉。
在中華人民***和國交通運輸部2007年頒布的《全國內河航道與港口布局規劃》中，浙東運河-京杭運河是長三角航道網絡中的骨幹線。 浙東運河的改建提出於1983年，當時，經過局部改建，運河的通行能力僅為40噸。
2002年，針對原有運河堰壩多，通航噸位小，不能應對現代物流需要的缺陷，浙東運河改建工程啟動。改建的浙東運河以四級航道（通行500噸級貨輪）為標準，西起錢塘江西岸的三堡船閘，依次流經錢塘江、浦陽江、西小江、曹娥江、四十裏河、姚江、甬江，在甬江口註入東海。工程***興建橋梁130余座、船閘8座，並改建沿線鐵路、公路、受影響建築物和通航標誌。
2009年9月，工程全部完成，成為中國大陸歷史上單項工程投資規模最大的內河改造建設項目。 在完工前的2007年12月，運河已經部分建成通航，杭州段和紹興段已經成為繁忙的水道。 但寧波段由於姚江上橋梁大都達不到通航要求，改建投資巨大，運河寧波段遲遲未能通航，曾引起中國大陸不少媒體的關註。 2006年，京杭大運河申報世界遺產工作啟動。 最初，這壹計劃僅僅包括隋唐運河和明清運河。在有關專家和媒體的推動下，2008年11月，浙東運河被納入中國大運河申報世界遺產計劃。時任國家文物局局長單霽翔曾經表示，浙東運河加入大運河申遺使得大運河與海上絲綢之路相連，而隋唐大運河的起點洛陽也是陸上絲綢之路的起點，而這形成了“壹個必然存在的文化、商品、信息的大的交通、壹個大的循環” 。
根據2011年“大運河保護和申遺工作會議”通過的“全國大運河申報世界文化遺產預備名單”，浙東運河主線河道和西興過塘行及碼頭、清水閘、永豐庫遺址、寧波水則碑、寧波慶安會館5個遺產點被列入“立即列入項目”。
2014年6月22日，第38屆世界遺產大會宣布，中國大運河項目成功入選世界文化遺產名錄，成為中國第46個世界遺產項目。 2014年7月7日中午，紹興市東湖風景區內東湖水是黛青色，水質清澈，魚翔淺底，遊船在湖中蕩漾，風景如畫。而堤壩另壹側，壹墻之隔的浙東古運河則呈黃色，似壹條暗黃的帶子從清透的東湖邊擦身而過。兩者反差明顯，被網友戲稱為“陰陽河”。