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抗戰期間，《申報》數度停刊復刊，歷經波折。
上海淪陷後，日方企圖控制該報，《申報》拒絕其新聞檢查，於1937年12月14日宣布停刊。1938年1月、3月，漢口版、香港版先後復刊，但漢口版不久停刊，香港版也於次年7月停刊。1938年10月10日，《申報》借美商之名在上海租界復刊。1941年12月8日，日軍開進上海公***租界，申報再次停刊。壹周後，在日軍威脅下，《申報》復刊，完全為日軍報道部所控制。1942年日軍軍部突然派人查封《申報》。12月6日，日本海軍派漢奸陳彬和以“軍管會”的名義接管《申報》，並任命陳為社長。日本投降當天，陳彬和潛逃，《申報》停刊。
戰後，國民黨以《申報》“附逆”為名，成立以CC系要員潘公展為主任的申報報務管理委員會，對其實施接管，將設備封存。1945年12月22日《申報》復刊，潘公展任指導員，立法委員陳訓悆為總經理兼總編輯。從此，《申報》完全被國民黨控制。1946年5月，國民政府強迫史泳賡出讓51%股份給政府，實行官商合辦，改變了申報的民營性質。在此基礎上，改組董事會，調整報社工作機構，杜月笙任董事長，陳冷任發行人，潘公展任社長兼總主筆，陳訓悆任總經理兼總編輯。
1949年5月25日，上海解放，中***派工作組進入報館。5月27日，《申報》出至第25599號終刊。5月28日，上海市委機關報《解放日報》在原申報館原址上出版。
如今
漢口路309號（原申報館），已經改為新旺茶餐廳。《解放日報》地址由原申報館遷往漢口路300號。
上海解放日報社創立了《申江服務導報》，現今多被簡稱為“申報”。