EM菌堆肥能促進土壤中有機質的分解，提高肥效。壹般可以提高20%-30%。另外可以改善土壤的微生態環境，減少植物病害，這樣可以減少農藥的使用，同時由於肥效的提高，也可以少用化肥。少用化肥農藥，不僅可以降低成本，還可以減少汙染，提高農作物品質，生產綠色食品。
為了不斷提高作物產量，必須改善土壤微生態條件。改良方法之壹是施用EM堆肥作為基肥。使有益細菌在土壤中迅速繁殖和補充，抑制有害細菌在土壤中的繁殖和發展。
堆肥的原料有人畜糞便、農作物稭稈等。可因地制宜選擇。
以牛糞為例，介紹了農生樂種植EM菌液體堆肥的生產方法。
牛糞要堆在不易積水的地方。按照種植農生樂的EM菌液1份:紅糖1份:牛糞500份的比例制成。將紅糖倒入桶中，將熱水倒入桶中，溶解紅糖，當水溫降至40℃以下時，倒入EM菌液，攪拌均勻。根據牛糞的幹濕情況，向桶內註入EM菌液重量50至100倍的清水。【註意:最好用井水。如需自來水，應放置24小時以上。]攪拌5分鐘，使EM菌液、紅糖和水混合均勻，制成EM稀釋液。
用幹凈的噴霧器將EM稀釋液噴在牛糞上。噴的時候打翻牛糞。並分層壓實，減少牛糞間的空氣。如果水分過多，粗糠粉，幹草等。可以加到牛糞裏，翻面次數要增加。含水量應控制在35%左右。
用塑料薄膜將牛糞覆蓋，周圍用土壓實，防止空氣進入。
等了15天厭氧發酵後，我們打開了塑料薄膜。這樣，堆肥就制成了。註意，如果溫度低，發酵時間可以適當增加。
EM堆肥可用作基肥和追肥。做基肥的時候，把肥料撒均勻，然後犁入土中。與相同原料制成的普通堆肥相比，EM堆肥制成的肥料有效養分含量高20-30%左右。有效營養成分達到壹定量後，甚至可以不使用化肥農藥，生產出真正的綠色食品。
EM制成的堆肥，壹般用量為:
水田每667m2使用120-260 kg。
旱地每667平方米50-100公斤。
每667m2蔬菜80-180 kg。
果樹每667m2用150-300 kg。
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