瑪麗死後，她被列為聖徒，成為耶穌會殉道者之壹。仍有許多瑪麗的遺物。她的祈禱書在法國展出了很長時間，她的辯護書也出版了。在英文刊物上，她的十四行詩已經出版，據說她的筆跡就在這本書裏。
德國著名女演員漢德爾·席爾茲(Handel Schilz)被瑪麗的生活態度所感染，開始欽佩她這個人。她在弗裏德裏希·席勒演出的《瑪利亞》在德國許多城鎮獲得壹致好評。據說她脖子上戴的十字架吊墜和不幸的瑪麗女王戴的很像。
在許多遺物中，幾乎沒有確鑿的證據表明瑪麗女王曾經使用過它們。但仍有壹些遺物被證明是真正屬於女王的。比如行刑後遮住女王面部的面紗。不知道是劊子手太急還是當時環境混亂，不小心傷到了不幸的皇後的肩膀。這塊面紗原本歸J.C .希普斯利爵士所有，他聲稱自己的母親是斯圖亞特王朝的後裔。1818年，羅馬，馬特奧·迪奧塔夫(Mateo Diotaf)根據自己的形象雕刻了壹件木雕，並將這件木雕的復制品送給了朋友。
面紗上閃閃發光的金邊飾品，據說是瑪麗女王親手縫制，壹個個整齊排列，形成壹個個小方塊。方形的角上鑲嵌著黃金。角落相連。上面有壹段用金線繡的文字。
木雕上有銘文，從另壹方面證明了這件遺物的真實性。據說這塊面紗是被驅逐的斯圖亞特王朝的傳家寶。它由約克的天主教紅衣主教亨利·本尼迪克特·斯圖亞特保存，是這個家族的最後遺產。許多年來，他把這件寶物放在他的私人教堂裏，包括許多其他瑪麗女王的遺物。他死後，這些遺物被贈送給約翰·希比斯利爵士，同時贈送的還有壹本珍貴的古希臘歷史學家普魯塔克的書，壹本精裝版的《聖經》，以及壹些瑪麗女王時代在蘇格蘭鑄造的金幣。
自1818年4月29日以來，這件木雕壹直由教皇庇護七世保存在他在奎裏納爾山上的宮殿裏。以前，他住在羅馬時，與紅衣主教約克關系密切。當紅衣主教約克和其他樞機主教在1798年搬到威尼斯時，當時的威爾斯親王英國國王喬治四世每年贈予4000名樞機主教。
紅衣主教約克想把這些他認為是無價之寶的瑪麗女王的遺物給那些幫助他們的人作為回報。根據木雕上的說明，面紗長89英寸，寬43英寸，因此看起來更像是披肩或圍巾，而不是面紗。在梅爾維爾的記憶中，席勒還讀到過女王去世前，屬於女王的手帕被拿走了。席勒還發現了漢娜·肯尼迪寫在這塊面紗上的壹些描述告別場景的名句。
“收下這塊我親自送來的手帕吧！
這條手帕是我在悲傷的時刻為妳縫制的。
它混合著我的眼淚:
它讓我睜大了眼睛。"
遺產
關於瑪麗女王壹生的兩部經典電影(兩部都是根據故事而非史實改編的)分別是1936拍攝的由凱瑟琳·赫本和弗雷德裏克·馬歇爾主演的《蘇格蘭的瑪麗》和1971拍攝的《瑪麗:蘇格蘭女王》。由範尼莎·雷德格雷夫(奧斯卡獎得主)和奈傑爾·達文波特主演。瑪麗的事跡也引起了戲劇界的關註。多尼采蒂·蓋爾塔諾寫了壹部名為《瑪麗·斯圖亞特》的歌劇。弗裏德裏希·席勒寫了劇本《瑪麗亞·斯圖亞特》。詩人約瑟夫·布羅德斯·凱用俄語為瑪麗·斯圖亞特寫的十四行詩獲得了諾貝爾文學獎，這使得人們把瑪麗作為對話者。同樣，瑪麗的故事激發了麥克沃德弗裏德創作歌曲《致法國》。
瑪麗的故事也是小說家的好素材。許多小說都是以瑪麗為原型，包括:瑪格麗特·喬治的《蘇格蘭瑪麗女王與不列顛群島:壹個漫長的故事》和讓·布雷迪的《王家之路:蘇格蘭瑪麗女王的故事》。兒童文學方面，關於瑪麗的小說有《傻女王:蘇格蘭瑪麗女王》和《學術王室日記選》，凱瑟琳·拉斯基著《蘇格蘭瑪麗女王》、《無地女王》、《法國》和1553。還有《女王越獄》的艾博特。