我國古代公文保密制度最早可以追溯到夏朝，夏朝時，史官已經開始對公文進行收藏、保管。到了商朝，設立了守藏史，專門負責保管政府文書與典冊，並且將甲骨公文貯藏到有專門看守的王室宗廟等場所裏，起到了很好的保密作用，此時古代公文保密制度已成雛形。到了周朝的時候，我國歷史上最早的中央檔案機構——天府成立，統治者將文書正本收藏於此，並派遣守藏史”專門負責與守護。周朝時期的另壹大進步，則是為了可以辨別公文的真偽，創立了了公文的“封泥”及“用印”制度。周天子以及卿大夫在發出的公文上蓋印防偽，而捆著公文書簡的繩子在打結處也會粘上泥塊。到了西周，還創造了用金屬封緘的匱子，稱“金藤之匱”，用來收藏壹些最重要、最機密的檔案，這也成為以後歷代重要機密檔案的收藏之所。
?秦漢時，公文的數量大幅度增加，公文也正式地成為政府機構之間傳達政令、交換信息的主要載體。在這樣的背景下，秦漢兩朝除了建立專門公文傳遞組織，還制訂了相關法律，將保密制度以法律的形式規定下來，用法律來嚴格控制信息泄密。漢朝時甚至還出現了公文密級，對於機密文書即封事、合檄、飛檄，都由專人另行封送。為了保密，漢朝統治者十分重視公文的傳輸過程，要求接觸到公文的人越少越好，明確規定了“依次傳行”的公文檔案傳遞方式。漢明帝劉莊曾對重操機要的尚書官員說“機事不密則成害”，於是漢代在任用機要人員的時候都會看中身份，也就是必須是“士子”身份，因為統治者認為“士子”更加忠於帝王而不會輕易泄密。
宋朝時期，遼、金、元先後與宋朝開戰，每個國家都用盡手段搜集宋朝的情報，因此在宋朝，信息安全的地位幾乎上升到了與國家安全相關的等級。基於此，宋代仍舊對泄密者加大處罰力度，《慶元條法事類》中有記載：“諸舉人程文輒雕印者，杖八十，事及敵情者，流三千裏”。“諸獄四案款不連粘或不印縫者，各徒壹年。有情弊者，以盜論。即藏匿棄毀拆換應架閣文書有情弊者準此”。除了對泄密者的懲罰，宋朝還獎勵告發泄密者，如果告發藏匿，拆換文書屬實的，案情重大的話，告發者就會得到賞錢壹百貫，案情壹般也會有五十貫的賞錢；告發文書收發人員違法規章，私自將文書帶回家過夜的，壹經查實，告發者賞錢會有五十貫。另外，宋朝還實行了印行制度，主要是禁榜示和嚴雕印。《慶元條法事類》等史籍中有記載，宋朝規定邊防要事應當“密行下則不得榜示”；
公文保密制度到了清朝，已經臻於完備，可以說集歷朝歷代之大成，已然形成了適應封建皇權高度集中體制下的系統完備的保密制度，如“實封進奏”、“廷寄”等文書保密方法，而最具代表性的，則是雍正時期興盛的“密折制度”。密折制度的具體內容是，允許和鼓勵四品以上的中央和地方官員，直接向皇帝呈遞密折。雍正年間，每壹個封疆大吏在上任前，皇帝都會把他叫他跟前，除了親自訓勉以外，還會給到他壹個密匣，上面有兩道鎖，而鑰匙則只有皇帝和拿匣子的大臣才會有。大臣在向皇帝呈遞密折時，就會將折子放入匣子中，直接交於皇帝親自開鎖禦覽，批示之後再鎖上密封還給上奏人，所有內容只有君臣兩人知道。
另外，雍正皇帝設立了軍機處，管理軍事機密，辦理朝廷的核心機密事件。嘉慶帝曾嚴令：“軍機處為辦理樞務、承寫密旨之地，以嚴密為要，軍機大臣傳述朕旨，令章京繕寫，均不應有泄漏。”機密公文在謄清後要密封呈遞，在軍機大臣用印密封之後交由兵部發出，底稿則要押封存記，等到事情任務完成以後才允許拆封登記檔案，在這期間如果有泄露的情況，相關的章京也是要受到嚴厲處罰的。軍機處的辦公地點會派監察禦史值班看守，無關人員嚴禁入內等等。