為了防止基因汙染。這壹個尤其適用於轉Bt抗蟲基因的玉米。原因在於玉米屬於風媒傳粉作物，轉基因玉米花粉會將抗蟲基因汙染到正常玉米的子代中。還有壹個原因，這種基因汙染會對生態系統的某壹食物鏈造成毀滅性的打擊。比如美國的抗除草劑油菜，由於界門綱目科屬種分類法中個別野草和油菜同屬，雜交後產生可育的抗除草劑野草後代，迫使美國人放棄了那塊農田。這些野草同時也改變了該農田生態系統的營養結構，有些昆蟲因此消失或由以油菜為單壹食物突變為以野草為食。
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