南宋時期，由於大量北方人南遷，對小麥的需求急劇增加。政府以稻田種麥免租的政策鼓勵小麥種植，因此稻麥輪作較為普遍。
明清時期發展較快，如稻後種豆，收獲豆作麥，雙季稻後種麥或豆或菜，雙季稻後種紅薯或蘿蔔，雙季薯後種水稻。某些形式的三熟制已從廣東、廣西、福建逐步推廣到長江流域。
明代《農政誌》中記載，上海等地出現了稻棉輪作制。清代《齊敏四術》、《聖吉農》、《致富紀實》和許多地方誌中都記載了稻田套種毛豆的經驗。