行為主義政治學自出現以來也受到了來自各方面的批評。批評者認為，行為主義政治學有很大的局限性:過於註重政治的形式，揭示了政治的本質；過於註重方法論，忽視對實際問題的研究；過於註重微觀分析，忽視宏觀理論的成果；過分推崇自然科學方法和技術，排斥歷史哲學；試圖排除價值成分，只解釋“是什麽”，不研究“如何”；只求解釋現實，不求改造現實；特別是所謂的實證論，有很大的主觀因素。這些缺陷極大地限制了行為主義政治學的發展。雖然行為主義政治學指責傳統政治學在現實政治面前束手無策，但20世紀60年代國際政治局勢動蕩和美國內外政治危機的事實證明，行為主義政治學無法承擔科學解釋和解決現實政治問題的重任。此後，行為主義政治學的研究逐漸式微，後行為主義政治學興起。
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