組織分離法適用於病原真菌的分離。表面消毒清洗後，將樣品材料切成小塊，輕輕放在培養基平板表面，寫好標簽後培養觀察。
稀釋分離法適用於真菌、放線菌和產生孢子的細菌的分離。
劃線分離法主要適用於細菌的分離。樣品表面消毒後應破碎，在無菌水中浸泡10 ~ 20分鐘後再做標記。
植物寄生線蟲的分離與檢驗。首先，從宿主、土壤或其他載體中分離病原線蟲，然後進行鑒定。