比如用乳酸菌發酵酸奶、腌黃瓜、泡菜等食品，用酵母發酵啤酒、酒精等飲料，用曲黴發酵豆腐、臭豆腐等食品。微生物在發酵過程中還能分解壹些不易消化的成分，增加了食物的營養價值和消化率。
但如果發酵過程控制不好，微生物過多或過少都會對食品質量產生不利影響，如酸敗、腐敗等。因此，發酵食品的生產需要掌握微生物的生長特性，嚴格控制操作條件和時間，保證適宜的微生物數量，最終得到高質量的發酵食品。