1.利益沖突:在醫療活動中，公益論要求醫務人員從社會和全人類的長遠利益出發，解決醫療活動中的各種利益沖突。但在實際情況中，個體利益與社會利益、短期利益與長期利益存在沖突，利益平衡是公益理論面臨的重要課題。
2.道德標準不壹致:公益理論要求醫務人員不僅要對患者個人負責，還要對社會負責。然而，不同的個人和群體的道德標準是不同的，因此確定壹個普遍公認的道德標準對公益理論來說是壹個挑戰。