1 .海秀校區
海秀校區位於海口市海秀南路3號，總占地面積約1124畝。校園是海南醫學院的主校區，設有行政辦公、教學、科研、生活、體育等綜合用房，以及圖書館、多功能報告廳等基礎教學、實驗教學和臨床實踐教學場所。
2 .龍華校區
龍華校區位於海口市龍華南路，總面積約680畝。這個校區是海南醫學院發展的新起點，是在校園文化、校園環境、教育教學等方面的全新探索和實踐。龍華校區擁有綜合實驗樓、體育館等現代化教學、科研設施和教育服務設施。