CT掃描速度很快而MRI相對掃描速度慢。
CT常規費用較MRI低。
就診斷而言，二者相互彌補不可或缺。CT對實性的組織比較敏感，如：骨、腫瘤等。MRI對軟組織比較敏感，通過不同的掃描序列可得出較明確的診斷。