1.待測細胞染色後，制備單細胞懸液。
2.以壹定的壓力將待測樣品壓入流動室，同時無細胞的磷酸鹽緩沖液以高壓從鞘液管中噴出，鞘液管的布居方向與待測樣品的流動方向成壹定角度，使鞘液高速繞樣品流動，形成環流， 待測細胞在鞘液的包被下排成壹列，依次通過檢測區。
3.流式細胞儀通常以激光為光源，聚焦整形後的光束垂直照射在樣品流上，被熒光染色的細胞在激光束的照射下產生散射光信號和熒光信號。