近年來，在經濟利益的驅動下，水產養殖無序發展，逐漸從半集約化養殖向高度集約化養殖轉變。這些水產養殖模式通過施肥或餵食獲得盡可能多的魚產品。生產中釋放的殘餌、殘渣、魚糞、化肥、藥物等都在水體中分解，消耗溶解氧。分解產物的主要成分是氨氮。導致水中溶解氧降低，氨氮上升，導致水質惡化，養殖水環境自汙染。同時，水質惡化會在水中滋生大量病毒、細菌等病原微生物，影響養殖水產品的質量安全。
養殖汙水的排放破壞了周邊環境，加劇了與環境汙染治理的矛盾。水產養殖業的快速發展大大增加了養殖汙水的排放量，對環境造成了不良影響。這主要是因為傳統的養殖模式是超能力、高負荷養殖，生產過程中存在壹些不合理的行為，大大超過了環境容量和環境。
自凈能力導致營養不均衡，養殖汙水富含N、p等營養物質，這些汙水排入河道可能導致藻類大量繁殖，產生多種毒素，汙染水體、土壤、空氣，最終形成“池塘水、土壤、養殖生物、大氣”的連鎖汙染，也就是俗稱的立體汙染。因此，水產養殖已成為我國受汙染物影響的重要功能區之壹。這不僅給漁民、企業乃至國家帶來了巨大的經濟損失，也給消費者的健康帶來了風險。為了使我國漁業發展走上健康、可持續發展的道路，必須有效控制水產養殖的水汙染，改變傳統的粗放型生產方式，尋求科學的經濟發展模式，在以最低的經濟和社會成本獲得水產品的同時，保護漁業資源和環境。