中醫學理論體系初步形成於戰國至兩漢時期，《黃帝內經》、《傷寒雜病論》、《神農本草經》等醫學專著的成書，標誌著中醫學理論體系的初步形成。
自清朝末年，中國受西方列強侵略，國運衰弱。同時現代醫學（西醫）大量湧入，嚴重沖擊了中醫發展。中國出現許多人士主張醫學現代化，中醫學受到巨大的挑戰。
人們開始使用西方醫學體系的思維模式加以檢視，中醫學陷入存與廢的爭論之中。同屬中國醫學體系的日本漢方醫學、韓國的韓醫學亦是如此。2003年“非典”以來，經方中醫開始有復蘇跡象。
擴展資料：
中醫學理論體系是以天人合壹的三個哲學觀的整體理念與辨證論治、相似觀（分形觀）的循證觀點為最大特色的祖國傳統醫學體系的基礎與核心。
中醫基礎理論的學說主要包括分形陰陽五行學說，臟象五系統學說（心系統、肝系統、脾系統、肺系統、腎系統），五運六氣學說，氣血精津液神學說（氣：信息－能量－物質學三元-多元說），體質學說，病因學說，病機學說及養生學說，分形經絡說等。
其中以藏象學說為核心，信息－能量－物質學說為基礎，全面系統地闡述了人體的生理、病理現象，並用於指導臨床診療活動。