中國中醫科學院成立於1955，前身為原衛生部中醫研究所，於1971與北京中醫學院合並，更名為中國中醫科學院。2005年2月慶祝成立50周年時，它被更名為中國中醫科學院。？
中國中醫研究院是國家中醫藥管理局直屬的以中醫藥科學研究為中心，集科研、醫療、教學為壹體的綜合性中醫藥研究機構。該院終身研究員屠呦呦因發現青蒿素及其在瘧疾治療中的應用做出突出貢獻，分別獲得2015和10年度諾貝爾生理學或醫學獎。
截至2016年4月，中國中醫科學院有17個科研單位(其中14個研究所)，6個醫療機構，3個教育單位，2個分支機構，5個學術和出版單位，3個附屬單位。職工5857人，其中專業技術人員3519人；擁有3個壹級學科博士、碩士學位授予權和1個自主設置的壹級學科碩士學位授予權，擁有3個壹級學科博士後科研流動站。
成立背景:
1950，第壹次全國衛生工作會議召開。毛澤東主席為會議題詞:團結新老中西醫衛生工作者，結成鞏固的統壹戰線，為偉大的人民衛生事業而奮鬥。會議把中西醫結合作為衛生工作的重要方針之壹，徹底糾正了舊社會遺留下來的輕視、歧視、排斥中醫的思想，發展了中國特有的傳統道德體系。
1954年6月，毛澤東院長批示:“立即成立中醫研究機構，派好的中醫進行研究，派好的西醫研究中醫，* * *參加研究工作”。