1，交易實體之間的差異
國內電商的交易主體壹般在國內，而跨境電商的交易主體是國內到海外，跨境交易主體遍布全球。有不同的消費習慣，文化心理，生活習慣，這就需要跨境電商給各國引入流量，在各國推廣營銷。國外的消費者行為和國際品牌建設有了更深入的了解，復雜程度遠超國內電商。
2、業務環節的區別
跨境電商的業務環節比較復雜，需要經過通關、檢驗檢疫、結匯、出口退稅、進口收稅等環節。在貨物運輸上，跨境電商通過快遞出境，貨物銷售到國外消費者手中需要更長時間，路途漫長，貨物容易損壞。
3、支付與結算的區別
國內電子商務支付結算體系成熟，多采用網銀支付和支付寶、微信等第三方支付方式，方便快捷，成本低，支付周期短(多在15天以內)。而跨境電商支付體系相對不成熟，尤其是B2B大宗貿易的支付。
4、物流的區別
隨著國內電子商務的發展，中國的物流系統高度發達。今天在網上買東西，第二天快遞送貨上門是常有的事。而跨境電商的物流時效往往在15-30天以上。
5、交易風險的區別
國內企業只是產權意識淡薄，大量無品牌低質商品和假冒商品充斥跨境電子商務市場，侵犯知識產權等現象時有發生。在商業環境和法制完善的國家，很容易引發知識產權糾紛。