中國少數民族傳統醫學研究院自成立以來被先後在中央民族大學 “985工程”二期建設項目，“十·五”規劃，“211工程”二期建設項目支持下，加強科學研究、高層次人才培養及學術交流，完善民族醫學學科發展的支撐體系建設，促進科研成果的社會轉化，努力為少數民族健康與少數民族傳統醫藥事業發展做貢獻。
幾年來，少數民族傳統醫學學科迅速發展。已形成了壹支具有高度創新能力、開放性和學科交叉特點的創新團隊，建立了完善的人才培養機制、科學的項目管理體制和運行機制，構建了中國特色的少數民族醫藥理論體系，不斷提升少數民族醫藥學等學科的建設水平。
當前，研究院是創新藥物與民族藥現代化國家民委—教育部重點實驗室，中國少數民族醫藥文化學被列入北京市重點（交叉）學科，2008年，中國少數民族傳統醫學學科被列入中央民族大學“211工程”三期重點學科建設項目，主要開展少數民族傳統醫學、少數民族藥學、少數民族公***衛生等方面的研究。與此同時，研究院正積極進行中國少數民族傳統醫學國家重點實驗室的申報工作。