曇石山文化遺址基本上是壹處4000~5000年前原始社會晚期的公***氏族墓地，其上層疊壓著3000多年前的黃土侖文化遺物。2001年，曇石山遺址被國務院公布為全國重點文物保護單位。
曇石山文化遺址揭示了曇石山人的社會意識，曇石山文化的源流及與海峽對岸新石器時代文化的緊密聯系，反映了曇石山文化在中國新石器時代文化中的地位，在福建閩越文化中所留下的不可磨滅的烙印，對史前海峽兩岸文化交流、閩臺古文化淵源以及南島語族的起源等課題研究所具有的重要意義。 [2-3]
2021年10月18日，福建閩侯曇石山遺址入選全國“百年百大考古發現”。