rDNA上的5 .8、18和28 SrRNA基因高度保守，即具有廣泛的異源同源性。但由於成熟的核糖體沒有加到它的區域，進化過程中對其片段的自然選擇壓力很小，所以它可以容忍更多的變異。在大多數真核生物中存在著廣泛的序列多態性，即使是親緣關系非常近的兩個物種，其ITS序列也會出現差異，表現出近期進化的特征。研究表明，其片段的進化速率是18 S rDNA的10倍。這是ITS序列在微生物種類鑒定和群落分析中的理論基礎。ITS1和ITS2為中度保守區，其保守性基本表現為種內相對壹致，種間差異明顯。這壹特點使其適用於真菌種類的分子鑒定和具有明顯種內或種間差異的菌群的系統發育分析。由於ITS的序列分析能夠實質性地反映屬、種、株間堿基對的差異，且其序列片段較小，易於分析，因此被廣泛應用於真菌內部不同種或相似屬的系統發育研究。ITS序列分析還可以有效地解決利用形態特征對黑籽豆、黑籽豆、塊莖豆、黑籽豆和油樹豆進行分類所引起的爭議，彌補傳統分類中的壹些不足。
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