電子商務對企業帶來的挑戰有以下幾點：
壹，對傳統行業的挑戰
電子商務在企業生產過程中的應用，可在管理信息系統(MIS)的基礎上采用計算機輔助設計與制造(CAD/CAM)，建立計算機集成制造系統(GIMS);可在開發決策支持系統(DSS)的基礎上，通過人機對話實施計劃與控制，從物料資源規劃(MRP)發展到制造資源規劃(MRP?II)和企業資源規劃(ERP)。這些新的生產方式把信息技術和生產技術緊密地融為壹體，使傳統行業受到了前所未有的挑戰；
二，構建電子商務環境
適應電子商務的發展企業電子商務建設和功能的充分實現離不開企業內部的信息化建設。目前中國企業普遍存在的信息化基礎落後與網絡和電子商務技術的現代化形成了巨大反差，已經不適應甚至阻礙了中國企業電子商務的應用與發展；
三，缺乏完整的商業服務體系
由於缺乏完整的商業服務體系，目前我國企業間B2B、電子商務的運行中，還沒有壹個多元化、集成化的商業服務聯盟，雖然我國在物流配送方面已不斷完善，但還是顯的心有余而力不足；
四，電子商務服務應用不深入
現階段電子商務不能夠深入到對企業價值鏈的應用中進行，不能夠支持電子商務對企業價值鏈的整合，造成電子商務服務應用各自為政、離散無序的局面；
五，商業服務標準不統壹
由於缺乏統壹的行業標準，企業之間、各電子商務運營商之間往往是各自為政，規範及商品代碼的不同，致使許多信息無法在所有網絡之間真正實現***享等諸多挑戰。