1、中醫學：中醫學是北京中醫藥大學的傳統強勢專業之壹，旨在培養能夠運用中醫診療思維方法、技能和基本的現代醫學知識，從事中醫醫療與預防等工作的高級中醫臨床人才。學生將掌握系統而紮實的中醫藥基礎理論和必要的西醫學知識，熟練掌握全面的中醫臨床診治和必要的西醫診療技能，具有較強的中醫臨床思維能力，能獨立處理臨床常見病和多發病，在上級醫師指導下有處理急、危、重病癥的能力。此外，學生還將具備基本的中醫臨床科研能力。
2、中藥學：中藥學專業致力於培養學生掌握中藥資源的開發利用、中藥制劑的設計與制備、中藥質量控制等方面的知識和技能。學生將學習中藥材的鑒定、炮制、配伍禁忌等傳統知識，同時也會接觸到現代中藥制藥技術、藥物分析方法等先進技術。畢業生可以在藥品生產、質量檢驗、科研機構等領域從事相關工作。
3、針灸推拿學：針灸推拿學專業專註於中醫針灸和推拿療法的教學與研究，培養學生掌握針灸和推拿的基本理論、基本技能和臨床應用能力。學生將學習經絡學說、穴位學、針灸治療原則等核心知識，並通過實踐操作掌握各種針灸和推拿手法。畢業生可以在醫療機構、康復中心等地方從事針灸和推拿治療工作。