第壹，性質不同
1，南京土樓，又名福建土樓，擁有福建南京土樓國家森林公園。南京土樓位於南京、華安、平和、詔安、小蕓、漳浦等縣和漳州市的山區。它以歷史悠久、數量眾多、規模宏大、造型奇特、風格獨特而聞名於世，被譽為“神話中的山嶽建築”。
2.永定土樓，又名筒子樓。位於中華人民共和國福建省西南部的龍巖市永定縣，最古老的是位於雷虎鎮下寨村的福新樓。它是福建現存最早的土樓。它建於公元769年，至今已有1200多年的歷史。它是福建最古老的土樓。
第二，建築特色不同
1，南京土樓是以生土為主料，配以石灰、細沙、糯米、紅糖、竹片、木條等。，反復揉捏、按壓、夯打。具有合住、防盜、防震、防獸、防火、防潮、通風采光、冬暖夏涼的特點。
2.永定土樓依山而建，布局合理。它吸收了中國傳統建築規劃的“風水”理念，適應了居住和防禦共同生活的要求，巧妙地利用了山中狹窄的平地和當地的生土、木材、鵝卵石等建築材料。是壹種自成體系、經濟、堅固、防禦性的高層建築類型。
第三，景區榮譽不同
1，南京土樓:2008年7月，福建土樓正式列入世界遺產名錄，2010被列為國家4A級旅遊景區，2011福建土樓南京景區再獲殊榮，成功晉級國家5A級。
2.永定土樓於2008年7月成功列入世界遺產名錄。2011年8月，榮獲國家5A級旅遊景區稱號。2016年10月，16入選“全國文明旅遊先進單位”。