1，不穩定，不安全
飛鴿不能確保信件到達目的地。鴿子有很多天敵，比如鷹和其他猛禽。鴿子在傳書的過程中可能會被老鷹吃掉。此外，鴿子還可能受到人類的攻擊，比如獵人、小孩(傳播距離遠或天氣惡劣時，鴿子需要進食和休息，容易遭遇人類的攻擊)。
2、單向使用
飛鴿利用了鴿子歸巢的天性，所以只能把它帶到外地，放生，送回家，不能送到外地。比如北京養的鴿子，如果帶到上海，可以給北京送信。把它帶到南京，它還可以送信到北京。但是它不能從北京或上海寄信到南京。它可以從其他地方把信帶回家，但它不能從家裏寄信。
3、成本高，攜帶不方便
不是所有的鴿子都能通過飛鴿傳書，但是需要經過特殊訓練的鴿子。經過特殊訓練來傳遞信息的鴿子被稱為信鴿。信鴿的訓練費時費力，成本很高。同時，用飛鴿把鴿子從家裏運到外地傳書也不方便。
但是在通訊不發達的古代，飛鴿傳書相比其他方式還是有很多優勢的，所以飛鴿傳書是古代常見的通訊方式之壹，主要是有壹定經濟實力的人使用。