基因疫苗不僅能產生體液免疫應答，還能導致細胞毒性T淋巴細胞的活化，誘導細胞免疫。而傳統疫苗只能用活疫苗誘導細胞免疫，但存在活疫苗毒力再次上升的危險。
基因疫苗是將編碼外源抗原的基因插入到含有真核表達系統的質粒中，然後將質粒直接導入人或動物體內，使其在宿主細胞中表達抗原蛋白，誘導免疫應答。抗原基因在壹定時間內的持續表達，不斷刺激機體的免疫系統，達到預防疾病的目的。
2.存在的問題
質粒DNA通常不整合到宿主細胞的基因組中，目前也沒有發現插入突變的證據。然而，不能完全排除少數質粒DNA插入染色體引起突變的可能性。壹旦整合到基因組中，它可能會激活細胞癌基因或失活腫瘤抑制基因。
基因疫苗的免疫效率難以達到100%的免疫保護，存在明顯的種屬和個體差異，可能與不同動物細胞需要不同的啟動子、抗原基因、給藥方式和劑量有關。
擴展數據:
基因工程疫苗是通過基因工程方法或分子克隆技術分離出病原體的保護性抗原基因，將其轉入原核或真核系統表達病原體的保護性抗原，制成疫苗，或刪除病原體的毒力相關基因；
從而成為無毒力相關基因的基因缺失苗。①多肽或亞單位疫苗。②顆粒載體疫苗。③病毒活載體疫苗。④細菌活載體疫苗。⑤基因重組疫苗。⑥基因缺失疫苗。比如乙肝疫苗。
人民網-防治禽流感:開發基因疫苗是關鍵