抗菌藥物的不合理使用不僅會產生影響患者健康的不良反應，還會產生抗菌藥物特有的耐藥性，不僅會影響使用者的治療效果，還會造成嚴重的社會影響。壹旦產生耐藥菌株，對其感染的治療將變得非常困難。因此，濫用抗菌藥物的危害多且大，主要表現在四個方面:壹是誘發細菌耐藥。幾乎沒有不產生耐藥性的抗生素。二是損害人體器官。抗生素在殺菌的同時也會對人體造成傷害。如四環素、利福平、紅黴素可引起肝損傷；氯黴素可導致兒童心血管衰竭的“灰嬰綜合征”，嚴重時可致命。三是造成雙重感染。長期應用廣譜抗生素會殺死敏感菌群，而不敏感菌群會趁機繁殖，不受抑制的細菌、真菌和外來菌也可乘虛而入，誘發另壹種感染。四是浪費醫療資源。新抗生素價格昂貴，濫用導致資源浪費和高昂的治療費用。
抗菌藥物的合理使用原則是“安全有效”。抗菌藥物應遵醫囑使用。公眾盡量不要在皮膚和黏膜上使用抗生素。在使用抗菌藥物的過程中，特殊人群，如新生兒、老年人、孕產婦、肝腎功能異常者、營養不良者、免疫功能低下者等，需要特別註意藥物品種、劑量和療程的選擇。
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