兩者都是通過讀卡的方式將交易數據傳輸到銀行、收單機構、銀聯的主機服務器。
銀聯作為交易數據處理中心，對交易數據和資金進行整理，向收單機構發出結算指令，最終完成刷卡收款操作；
要比較的形狀:
傳統的POS機外形較大，有物理鍵盤，分為移動機和固定機兩種，有熱打印紙，可以打印簽名小票。手機讀卡器很小巧，音頻版連接手機耳機孔，藍牙版通過藍牙連接手機，通過APP操作在讀卡器上刷卡；
從功能比較來看:
傳統POS的主要功能是收款，應用場景是實體經營的商戶收款時使用；手機讀卡器的應用場景是個人便民支付。除了代收功能，還有更多的便民功能，如水、電、煤、電話充值、信用卡還款、轉賬匯款、火車票、飛機票等。
從辦理方式和準入條件對比來看:兩種辦理方式都是向銀行和第三方支付公司申請，電商平臺也可以購買。正規的傳統POS機需要向商戶提供三證:營業執照、法人身份證、銀行執照；使用手機刷卡器的公司，95%以上只需要用戶提供身份證和銀行卡進行實名驗證，相對方便；從安全系數的比較來看:
從交易原理來說，只要是正規機器，兩者都是安全的。傳統POS機采用壹機壹戶，商戶入網三證，物理鍵盤，打印小票，更加規範。刷卡器采用壹機壹碼、實名認證的方式，通過限制單筆金額來降低交易中的風險，從而達到便捷支付的目的。是否安全取決於資金的流向。刷卡後，資金結算方是銀聯、銀行和支付機構。這種機器資金只清算過壹次，資金由正規機構結算，流向明確，安全，反之亦然。