*芽生菌:螺桿菌屬、假單胞菌屬、固氮菌屬、根瘤菌屬、甲基單胞菌科、腸桿菌科、棒狀桿菌屬、硫細菌屬、鞘細菌屬、弧菌屬、擬桿菌科、奈瑟球菌屬、維氏球菌科、硝化細菌屬、鐵細菌屬、鞘細菌屬、甲烷桿菌科、微球菌屬、鏈球菌屬、消化球菌屬。
*放線菌:放線菌、枝孢菌科、諾卡氏菌科、嗜皮菌科、花薊馬科、小單孢菌科、熱單孢菌科、小孢子菌科、小多孢菌科、鏈黴菌科、毛孢菌科、移動放線菌、分枝桿菌科、熱放線菌科等。
*發光細菌*黑暗細菌*滑行細菌*細菌素
真菌
真菌:蟲生真菌、水生真菌、糞便真菌、昆蟲寄生真菌、黴菌、捕食真菌、汙水真菌、土壤真菌、海洋真菌、藥用真菌、菌根等。
黏菌:黏菌、粘菌、絲核菌等。
*黃萎病菌亞科:Hectaria，金菌綱，卵菌綱(節肢動物門，霜黴病菌，水菌綱)等。
*節肢動物門:接合菌、毛黴、昆蟲綱、毛黴。
*子囊菌亞科:半子囊菌(內孢菌、囊孢菌、無囊菌、子囊菌、菌核菌、白粉病、球孢菌、子囊菌、子囊菌)、竹蓀(塊菌、子囊菌)。
*擔子菌亞門:冬蟲夏草、夏菌目、黑菌綱、層菌綱(黑木耳、黑木耳、變形擔子菌、外擔子菌、多孔菌目、傘菌目)、胃菌綱(鬼筆菌、栓菌屬、巢菌屬、硬皮栓菌、鱗翅目)等。
真菌小計:絲孢菌、體腔菌等。
*真菌*地衣