丘祖師掌教時期，正值宋金對峙，蒙古帝國南侵之際，政治格局巨變，局勢錯綜復雜。作為全真道教主的丘處機便成為南宋、金朝、以及蒙古帝國爭奪的重要人物。隨著丘處機社會聲譽日益高漲和影響不斷地擴大，使得金朝統治者、南宋王朝，以及創建蒙古帝國的成吉思汗都認識到丘處機的價值，都向丘處機發出邀請，期待著與他商討治國安邦之策。
1206年，成吉思汗在北部草原崛起，建立了地跨亞歐大陸的蒙古帝國。為了壹統天下，成吉思汗發動了大規模的擴張戰爭，並且向金朝發難。在蒙古大軍的威逼下，金宣宗被迫遷都至南京（汴京；今河南開封）。遷都後的金宣宗為了讓丘處機出山議政，下詔賜他“自然應化弘教大師”之號，又多次遣使詔請丘處機進京商討國事，但均被丘處機婉言謝絕了。
南宋寧宗也希望丘處機為其統治服務，亦多次遣使詔請丘處機為南宋效力。對此，丘處機是辭不赴命，堅臥不起。是時，各地征請丘處機之人絡繹不絕，但是都被他壹壹謝絕了。
恰在此時，遠在中亞戰場征戰的成吉思汗也遣使詔請丘處機了。當成吉思汗得知丘處機博古通今、才能超群後，便想詔請丘處機為己所用。為此，處於戎馬倥傯之中的成吉思汗仍對於詔請丘處機之事表現出了特殊的重視。成吉思汗曾兩次遣使召請丘處機，可是丘處機隱居山林，深入簡出，避而不見。成吉思汗求賢若渴，不肯放棄。於蒙古成吉思汗十四年（公元1219年）第三次派遣近侍臣劉仲祿備輕騎素車、攜帶手詔再次詔請丘處機出山，演繹了自三國以來又壹個帝王虔誠躬迎，禮賢下士的故事。成吉思汗詔請丘處機的目的非常明清，壹是為了求取長生之術，二是為了安民撫眾，三是成吉思汗看中了丘處機作為道教領袖的聲望和地位，以及他那套撫眾安民的道家學說。這在成吉思汗《召丘神仙手詔》中寫的非常清楚。成吉思汗手詔雲：朕……返樸還淳，去奢從儉，每壹衣壹食，與牛豎馬圉***弊同饗，視民如赤子，養士如兄弟，謀素和，恩素畜，練萬眾以身人之先，臨百陣無念我之後，七載之中成大業，六合之內為壹統。然而任大守重，治平猶懼有闕，且夫刳舟剡楫，將欲濟江河也，聘賢選佐，將已安天下。朕踐祚已來，勤心庶務，而三九之位，未見其人。”成吉思汗在手詔中向丘處機講述自己的行為都是按照全真道教旨去做的，以及他聘賢輔政的迫切心情，並且至誠地說：“朕心仰懷無已，豈不聞渭水同車，茅廬三顧之事，奈何山川懸闊，有失躬迎之禮。朕但避位側身，齋戒沐浴，選差近侍官劉仲祿備輕騎素車，不遠千裏，謹邀先生暫屈仙步，不以沙漠遠遊為念，或以憂民當世之務，或以恤朕保身之術，朕親持仙座，欽惟先生將咳唾之余，但授壹言，斯可矣。”於是，劉仲祿以宣差便宜使的名義奉召前往中原敦請丘處機。成吉思汗賜給劉仲祿的虎頭金牌上寫著：“如朕親行，便宜行事”的諭旨，使他沿途享有方便行事的各種特權。
成吉思汗不遠千裏三派朝臣詔請丘處機出山的舉措終於打動了丘處機，他審時度勢決定應召西行拜見成吉思汗。蒙古成吉思汗十五年（公元1220年）正月十八日，丘處機率領趙道堅、宋道安、尹誌平、李誌常等18位高徒從山東啟程北行。是年二月二十日，丘處機攜弟子抵達當時蒙古統治下的燕京（今北京），當地官吏、士庶、僧道紛紛前往盧溝橋迎接這位大汗請來的神仙，而蒙古燕京行省長官石抹鹹得蔔親自為丘處機安排食宿。丘處機後來才獲悉成吉思汗已經率蒙古大軍西征，根本不在漠北草原，離燕京更是越行越遠了。已經年過古稀的丘處機不想西行，希望在燕京等大汗東返後陛見，並自草《陳情表》奏請成吉思汗裁決。成吉思汗非但不允，反而再次下詔懇切催促丘處機西行。蒙古成吉思汗十六年（公元1221年）二月八日，丘處機不顧年邁體衰，率弟子踏上萬裏征途，向塞北高原挺進。歷時四年，終抵達西域大雪山之巔，在興都庫什山（今阿富汗境內）謁見成吉思汗，大談養生之道及治國方略，頗得成吉思汗賞識。丘處機應召西行的目的在他出發前贈給朋友的詩中明確地寫到：
十年兵火萬民愁，萬千中無壹二留。
去歲幸逢慈詔下，今春須合冒寒遊。
不辭嶺北三千裏，仍念山東二百州。
窮急漏誅殘喘在，早教身命得消憂。
由其詩詞中不難看出，丘處機不遠萬裏西行是為的中原百姓免受屠戮。
當成吉思汗見丘處機果真是仙風道骨十分歡悅，立即設宴款待丘處機師徒壹行，並且開門見山地向他討要長生之術和長生不老藥。丘處機坦誠地直言：“但有衛生之道，而無長生之藥。”成吉思汗愛其誠實，又問起統壹天下之策時，丘處機對曰：“欲壹天下者，必不嗜殺人。”並且建議成吉思汗“少殺戮，減嗜欲，敬天愛民”。丘處機提出的主張，成吉思汗都欣然接受。因此，後人評說丘處機有“壹言止殺”之功。《元史·釋老誌》稱：“太祖時西征，日事攻戰，處機每言欲壹天下者，必在乎不嗜殺人。及問為治之方，則對以敬天愛民為本。問長生久視之道，則告以清心寡欲為要。”雖然丘處機開始所言並沒有得到成吉思汗的認可，但在壹定程度上減輕了蒙古統治者對漢人的殘酷殺戮。康熙帝對丘處機贊道：“壹言止殺，始知濟世有奇功。”成吉思汗待丘處機甚厚，而且尊稱他為“神仙”，賜爵“宗師”，掌管天下宗教。丘處機在成吉思汗身邊呆了壹年之後，自北印度回歸中原。雖然當時戰事頻仍，成吉思汗還是派出騎兵五千，予以護送。為了表達對丘處機的尊崇，臨別之際，成吉思汗還賜於丘處機“金虎符”，璽書（在帝王的習慣上，這等於封王封侯），詔免道院及道眾壹切賦稅差役。成吉思汗命燕京行省將原金朝的禦花園賞給全真教建造宮觀。從此，丘處機得以弘揚全真教、廣建道觀，掌管天下道教，取得了蒙古國國師的地位。丘處機憑著成吉思汗賜予的虎符和璽書，解救了大量被奴役的中原人，使數萬被蒙古貴族掠奪為奴的人重獲了自由。
從丘處機西行論道來看，壹方面勸告了蒙古統治者“止戈為武”，給中原百姓帶來了和平安定的環境；另壹方面他也將中原先進的文化和技術帶到荒涼的草原，特別是北京當時的濃郁的文化氛圍以及先進的技術。丘處機的西行促進了民族融合，促進了元朝對中國的統壹。
元太祖十九年(公元1224年)，七十七高齡的丘處機自雪山返歸燕京，賜居於太極宮（今白雲觀）。當時太極宮壹片淒涼，遍地瓦礫。於是，丘處機命弟子王誌謹主領興建，歷時三年，殿宇樓臺煥然壹新。元太祖二十二年(公元1227年)五月，成吉思汗親自為修葺壹新的太極宮敕改為“長春宮”（以丘處機道號為道觀名）。自此燕京的長春宮為道家第壹叢林，成為全真道的中心。丘處機還在成吉思汗賞賜的原金朝皇帝的禦花園瓊華島修建了“萬壽宮”。丘處機在燕京地區除了廣建道教宮觀外，亦廣度道徒，並且還創建了平等、長春、靈寶、長生、明真、平安、消災、萬蓮八個傳道組織。是時，丘處機成為北方道教的領袖，全真道不但在北京地區取得了長足的發展，而且在民眾中產生了極大的影響。正如許地山先生所說：“我們簡直可以說支配中國壹般人的理想與生活的乃是道教的思想。”
丘處機開創的全真道不但對中國民間社會有著深刻的影響，而且在壹定程度上影響著中國傳統文化，特別是對北京傳統文化的影響就更大了。丘處機與全真道直接影響了北京民俗節日的形成。如：北京正月十九的“燕九節”就是為以丘處機的誕辰為紀念日而形成的。東歸後的丘處機，可以說聲名如日中天、燕京地區更是家喻戶曉，四方信眾道侶歸依者不計其數。九月初九重陽節，四方道眾雲集太極宮，以菊花為獻，表達他們的敬仰和祝福，希望他健康長壽、永遠不老。但是，歲月不饒人，1227年7月7日，八十歲高齡的丘處機安詳地離開了人間。丘處機去世後燕京百姓為了紀念他，便把他的誕辰——正月十九定為“燕九節”。每年的正月十九萬眾雲集長春宮，以各種形式來悼念這位“壹言止殺”的丘神仙。《帝京歲時紀勝》記載：長春“真人生於宋紹興戊辰(公元1148年)正月十九日，故都人至正月十九日，致酹祠下，為燕九節”。另外，《燕京歲時記》也記載：“白雲觀……每至正月，自初壹日起，開廟十九日，遊人絡繹，車馬奔騰，至十九日為尤盛，謂之會神仙。相傳十八日夜內，必有仙真下降，或幻遊人，或化乞丐，有緣遇之者，得以卻病延年，故黃冠羽士，三五成群，跌坐廊下，以冀壹遇。究不知其遇不遇也。”時至今天，北京還有在每年正月十九日要到白雲觀去會神仙的習俗。由北京燕九節的形成由來和盛況，可以看出丘處機影響巨大。