河道內的航道還應當遵守《中華人民共和國航道管理條例》和《國航航道管理條例》。第三條開發利用江河湖泊水資源和防治水害，應當全面規劃，統籌兼顧，綜合利用，註重效益，服從防洪的總體部署，促進各項事業的發展。第四條省人民政府水行政主管部門是全省河道主管機關。
市(地)、縣(市)水行政主管部門是本行政區域內的河道主管機關。第五條本省河流實行統壹管理和按水系分級管理的原則。
經同級人民政府批準，縣級以上河道主管機關可以設立專門機構，具體負責本轄區內的河道管理工作。
涉及兩個以上市(地)的主要河流由省或者授權的市(地)河道主管機關管理，涉及兩個以上縣(市)的主要河流由市(地)或者授權的縣(市)河道主管機關管理。第六條人民政府行政首長負責河道防洪和清障工作。各級人民政府應當加強對本地區河道管理工作的領導，充分發揮河道主管機關的作用。第七條各級河道主管機關、河道管理機構和河道監督員必須依照國家法律法規加強河道管理，執行供水計劃和防洪調度命令，維護水工程和人民生命財產安全。第八條任何單位和個人都有保護河道堤防安全、參加防汛搶險的義務。第二章河道整治和建設第九條河道整治和建設應當符合流域綜合規劃，符合國家防洪、除澇、通航標準和其他有關技術要求，保障堤防安全，維護河勢穩定、行洪暢通和航運暢通。第十條修建橋梁、碼頭等設施，必須按照國家規定的防洪標準確定的河寬進行，不得縮窄行洪通道。
橋梁和棧橋的梁底必須高於設計洪水位，並根據防洪和通航要求預留壹定的超高。設計洪水位由河道主管機關根據防洪規劃確定。
穿越河流的管道和線路的凈空高度必須滿足防洪和航運的要求。第十壹條交通部門進行航道整治應當符合防洪安全的要求，並事先征求河道主管機關對相關設計和方案的意見。
水利部門進行河道整治涉及航道的，應當兼顧航運需要，並事先征求交通部門對相關設計和方案的意見。
在重要漁業水域的河道、航道整治中，建設單位應當兼顧漁業發展的需要，提前將有關設計和方案送同級漁業主管部門征求意見。第十二條為建設和發展水利、防治水害、整治河道、橋梁、碼頭、道路、渡口、管道、電纜等跨河建築物和設施，建設單位必須按照河道管理權限，將工程建設方案報河道主管機關審查同意後，按照基本建設程序履行審批手續。建設項目經批準後，建設單位應當將建設安排告知河道主管機關。
需要破堤的工程，施工時應由河道管理人員監督，完工後施工單位應按原標準修復。跨汛期建設項目應與河道主管機關商定汛期安全措施。第十三條凡在河道上新建建築物和設施，必須經河道主管機關批準後方可投入使用，並服從河道主管機關的安全管理；不符合設計標準或者有重大質量缺陷的，不得投入使用。第十四條堤防上已建的涵洞、泵站和埋設的管道、電纜等建築物和設施，河道主管機關應當定期檢查，不符合安全要求的應當限期改建。第十五條城鄉建設不得占用河道灘地。城市規劃的河道界限，由河道主管機關會同城市規劃等有關部門確定。沿河城鎮在編制和審查城鎮規劃時，應當事先征求河道主管機關的意見。第十六條河道岸線的利用和建設應當服從河道整治規劃和航道整治規劃。規劃部門在審批使用河道岸線的建設項目時，應當事先征求河道主管機關的意見。
河道岸線的界限由河道主管機關會同交通等有關部門劃定，報縣級以上人民政府。第十七條河道疏浚、堤防加固維修、取土場堤防錐探灌漿、河道整治等根據防洪規劃需要的土地，由當地人民政府予以調整。
由於修建水庫和整治河流而增加的可用土地屬於國家。可以由縣級以上人民政府用於移民安置和河道整治工程。第十八條在本省以河流為界或者跨行政區域的河道整治和建設，按照下列規定執行:
(壹)位於邊境的河道和水工程應嚴格執行有關各方商定的邊境水利協議；
(二)在跨行政區域的河道內，未經統壹規劃和雙方同意，上遊不得擴大排水，下遊不得設置阻水障礙物降低河道排水能力；
(3)協議執行中如有異議，應報上級河道主管機關裁決。在上級作出裁決前，任何壹方不得變更協議或強行施工。