本條例所稱農業環境，是指影響農業生物生存和發展的各種自然和人工改造的自然因素的總和。第三條農業環境保護堅持統壹規劃、預防為主、防治結合的原則，誰汙染誰治理。第四條各級人民政府應當把農業環境保護作為整個環境保護的重要組成部分，納入國民經濟和社會發展計劃，制定農業環境保護規劃，實行農業環境保護目標責任制，組織農業生態環境治理。
縣級以上人民政府應當將農業環境保護經費納入財政預算，並隨著經濟增長逐年增加投入。第五條縣級以上人民政府及其有關部門應當加強農業環境保護宣傳教育，增強公民農業環境保護意識和法制觀念，加強農業環境保護科學研究，開展農業環境保護科學知識普及活動，提高農業環境保護科學技術水平。
任何單位和個人都有保護農業環境的義務，並有權檢舉和控告汙染和破壞農業環境的行為。第六條縣級以上人民政府環境保護行政主管部門對本行政區域的環境保護工作實施統壹監督管理。縣級以上人民政府農業行政主管部門(以下簡稱農業行政主管部門)對農業環境保護實施具體監督管理，其下屬的農業環境保護機構負責農業環境保護具體監督管理的日常工作。
縣級以上人民政府其他有關部門應當按照各自的職責，做好農業環境保護工作。第七條農業行政主管部門應當根據本行政區域的環境保護規劃，制定農業環境保護規劃，報同級人民政府批準後組織實施。第八條農業行政主管部門應當加強耕地質量保護，鼓勵和組織農業生產經營組織和農業勞動者提高耕地質量，提高土壤自凈能力。
農業生產經營組織和農業勞動者應當合理利用農用地，科學培肥地力，增加施用綠肥、農家肥、土雜肥等有機肥，合理使用化肥、微生物肥料、土壤調理劑和植物生長調節劑，防止土地汙染和土壤肥力下降。
鼓勵農業生產經營組織和農業勞動者使用環保農膜。使用非環保型農用薄膜的農業生產經營組織和農業勞動者應當及時清除和回收殘膜。第九條申請註冊復合肥、配方肥(不含葉面肥)、精制有機肥、土壤調酸劑和植物生長調節劑，申請人應當提供農業環境影響評價資料；不符合農業環境保護要求的，登記機關不予登記。
提供城市垃圾、粉煤灰和汙泥作為農業肥料，應當符合國家有關標準；不符合標準的，不得提供。第十條使用農藥應當遵守國家有關農藥安全使用的規定，按照規定的劑量、次數、方法和安全間隔施用農藥，防止水、土壤和農產品受到汙染。
禁止在蔬菜、瓜果、茶葉、中藥材種植過程中和糧油作物生產後期使用劇毒、高毒、高殘留農藥。禁止用農藥毒殺魚、蝦、禽、獸。
盛裝農藥的容器和包裝物應當按照國家有關規定回收利用，使用者不得隨意丟棄，防止汙染和破壞農業環境。第十壹條農業行政主管部門應當加強對水稻、油菜、玉米、小麥等農作物稭稈綜合利用的指導，推廣稭稈還田、稭稈飼料開發、稭稈氣化、稭稈微生物堆肥等綜合利用技術。
農業行政主管部門應當推廣沼氣綜合利用技術，完善服務體系。鼓勵農業生產經營組織和農業勞動者開發利用沼氣。第十二條鼓勵利用生物技術防治農作物病蟲害。
保護青蛙、農田蜘蛛、赤眼蜂等農作物有益生物及其棲息地和繁殖地。禁止在農田捕捉青蛙等野生有益生物，禁止出售青蛙。第十三條禁止在基本農田保護區處置或者堆放固體廢棄物。在其他農用地集中處置或者堆放固體廢物的，應當經農業行政主管部門批準，向國土資源和環境保護行政主管部門辦理審批手續，並采取措施防止散落、流失、滲漏或者對農業環境造成其他汙染。第十四條經批準需要占用農用地的建設項目，其環境影響報告書或者環境影響報告表中必須包括農業環境保護方案，縣級以上人民政府環境保護行政主管部門在審批前，應當征求同級農業行政主管部門對農業環境保護方案的意見。建設項目竣工驗收時，未達到農業環境保護方案要求的，不得通過驗收。