由於我國內部審計是壹種行政命令的產物，前期形成了片面強調外向服務、作為國家審計基礎而存在的內部審計模式。這種審計模式實際上導致了人們對內部審計職能的模糊認識。時至今日，壹些企業的內部審計仍然難以融入其整體經營管理之中，更何況當時許多企業及其管理當局對此並不理解，甚至抵制。導致內部審計工作難以正常開展，更談不上履行監督評價職能和開展鑒證咨詢活動，無法充分發揮其應有的內向服務作用，導致我國內部審計存在諸多不足。
2.我國內部審計的獨立性較差。
內部審計的獨立性是使內部審計客觀、權威、公正的必要條件。獨立性原則是內部審計區別於企業內部其他職能部門的重要標誌。無論內部審計還是外部審計，沒有獨立性，審計結果就沒有意義。我國的實際情況是，大多數企業的內部審計機構要麽隸屬於財務部門，要麽與紀檢監察合並為壹個常規部門，由主管財務的副總裁領導，只有少數上市公司隸屬於審計委員會。根據我國《上市公司公司治理準則》，雖然規定“獨立董事應占多數並擔任召集人，但審計委員會中至少應有壹名獨立董事為專業人士。”然而，由於我國上市公司股權結構不合理，上市公司股東特別是國有股東普遍缺位，缺乏對公司經理的有效約束，“內部人控制”嚴重。審計委員會並不要求所有成員都是獨立和明智的，即使內部審計由審計委員會領導，其獨立性也非常有限。然而，國外內部審計越來越強調提高內部審計機構的地位，表現在越來越多的內部審計部門直接向總裁或董事會報告，壹些知名的跨國公司如福特、百事、波音等。甚至設置了副總裁級別的總審計師。
3.內部審計範圍過窄，參與企業管理決策有限。大多數企業領導對內部審計及其職能的本質特征認識不足，誤以為審計就是審計。雖然隨著經濟發展有所改善，但總體上沒有根本性的改善。到現階段，我國仍有許多企業的內部審計僅局限於財務會計的審查，很少觸及經營管理的其他領域，從而使內部審計大多具有財務性質，使內部審計實際上成為財務會計的壹個自審過程。此外，我國內部審計人員對自身職能的認識存在偏差，總認為內部審計是預防錯誤，重在評價，對審計建議重視不夠。這直接導致國內很多企業對內部審計所能提供的評價和咨詢服務缺乏全面正確的認識。事實上，企業在制度制定、工程項目、重要合同、投資決策、資金使用、財務規劃乃至信息系統建設等諸多方面都需要內部審計的支持和服務。然而，許多內部審計機構在實際工作中往往被忽視，或者有些被賦予了不應有的責任。在這些企業中，內部審計在加強內部管理中的作用沒有得到充分認識或正確認識，內部審計機構沒有被視為企業的壹個整體或相對獨立的壹部分。
4、審計技術落後。
西方國家的內部審計充分發揮自身優勢，大力開展審計調查，對組織中存在的傾向性、普遍性問題，特別是組織面臨的財務和經營風險進行定期調查、評估和預測。特別是國外20世紀中期以來，審計界發展了多種審計抽樣方法和抽樣技術，廣泛使用acl等計算機輔助審計軟件，通過建立各種審計風險模型來降低自身的工作風險。然而，我國的內部審計工作壹直以人工審計為主，根據審計人員的個人經驗和專業判斷進行隨機抽樣，很少使用統計抽樣和計算機輔助審計軟件，因此審計工作的風險無法量化。以事後審計和靜態審計為主，很少進行事前審計和事中審計，不利於審計部門及時發現問題，提出改進措施，避免損失。
5.審計人員知識結構單壹，綜合素質有待提高。內部審計在企業中的地位不高，很難吸引優秀的人才加入內部審計隊伍，也不可能獨立完成自己的工作。特別是我國企業對內部審計不夠重視，往往將壹些“老、弱、病”或難以安置的人員放在審計部門，造成相當壹部分內部審計從業人員年齡偏大，長期不具備必要的知識和專業能力。此外，相當壹部分企業領導認為內部審計是財務工作的“防錯”，他們習慣於從財務人員中挑選審計人員，導致審計人員知識結構單壹，特別是缺乏風險管理和信息技術知識。這也是內部審計工作存在上述差距的根本原因之壹。然而，各類外國公司都把審計人員的配備作為充分發揮其審計職能的必要條件。朗訊的75名審計人員中包括30名MBA和35名持有相關證書的審計人員。審計部門試圖將每個人的才能與具體的項目結合起來，並為此設計壹個非常詳細的技能矩陣，然後將這個技能矩陣用於審計工作的分配和個人發展的監控。
總之，由於我國內部審計獨立性和權威性較差，審計範圍有限，審計方法落後，審計結果質量大打折扣。而且，由於審計人員對審計職能認識淺薄，長期忽視後續審計工作，審計結果無法發揮應有的作用，更談不上為組織增值。然而，西方國家的內部審計采用了各種方法，開發了各種技術手段來為企業增值。例如，微軟使用問題管理器來解決審計後續程序的問題。工具屬於管理部門，負責問題的跟進和解決，每季度跟蹤數據庫，按期與審計對接，每季度向審計委員會匯報。此外，審計委員會將每年兩次收到內部審計和外部審計的狀況報告。問題解決後，文件存檔，隨時可以查詢。