目前，我國對農村問題的研究似乎主要集中在增加農民收入上。但是，對於如何增加農民收入，卻有不同的理解。壹些經濟學家看到了中國農村金融體系的缺陷，認為只有發展農村金融才能保證農民的再生產條件。有學者認為，中國農民收入過低是因為工農業產品的剪刀差。只要農產品價格提高，農民收入就能增加。
上述觀點從資本運作和生產經營兩方面考慮了農民的利益，但這些思路在中國農村未必行得通。原因很簡單。中國的農村問題不是融資難，也不是農產品價格低，而是傳統自然經濟無法融入現代市場經濟的問題。即使金融機構深入到農村的每壹個角落，農村經濟也未必能發生根本性的變化，因為僅靠幾千元、幾萬元的金融支持，是不可能把傳統農業改造成現代農業的。同理，對於那些產量少的農民來說，提高農產品價格可以幫助他們脫貧，但不壹定能幫助他們致富。那些富農兄弟，除了少數在戶外種田的，大多是通過從事非農勞動積累財富的。中國農村改革必須改變思路。
在我看來，當今中國的農村問題很多，但概括起來，主要有三大矛盾:
第壹，農業集約化生產和家庭承包經營之間存在矛盾。現代農業需要規模化生產，家庭承包制決定了中國大部分地區不可能實行規模化生產。“樓層管理”不可能獲得高收益。除了山東等部分地區農民通過塑料大棚生產獲得相對較高的農業收入外，絕大多數從事糧食作物生產的農民並不能從承包的田地中獲得豐厚的回報。盡管國家壹再提高農產品收購價格，千方百計降低農民購買生產資料的成本，但農民從農業耕作中獲得的收益仍遠低於外出打工獲得的回報。這種現象並非中國獨有。在其他國家，農業收益遞減也是壹個總體趨勢。與其他發達國家農業的規模化生產相比，中國農業沒有比較優勢。與中國其他行業相比，中國農業的投入產出比並不高。這其中當然有中國技術含量低、生產力低、農民負擔重等原因，但最根本的原因還是中國長期實行家庭承包制。
家庭承包制作為壹項階段性改革成果，在我國農村經濟發展中發揮了重要作用，但現在看來，家庭承包制已經難以適應現代化生產的需要。因為從制度上看，聯產承包責任制是以集體所有制經濟為基礎的，是過渡時期的壹種特殊的生產分配關系。由於土地的集體所有權性質，決定了家庭聯產承包的法律關系主體是虛擬的，作為發包方的集體所有權組織與承包方之間存在利益沖突。當集體所有權組織與土地承包方的利益發生沖突時，集體所有權組織會毫不猶豫地破壞已經形成的土地承包關系。農民作為土地的承包人，可以通過村民自治組織來維護自己的權利，但由於自治組織也是承包人，所以存在農民無法通過農村內部組織來維護自己合法權益的問題。近年來，盡管學者們壹直在呼籲通過合作社或農會來重組農民，但現有的農村生產關系阻礙了農民的團結。更重要的是，隨著農村人口的增加和人均耕地的減少，中國的土地承包關系不得不頻繁變化。在這種情況下，以農村承包經營責任制為基礎的壹系列制度都有失效的危險。事實上，壹些地區的農民想用壹種非常消極的方式來擺脫我國農村面臨的矛盾關系，但由於他們的農民身份，他們無法完全擺脫基於承包責任制的壹系列法律關系。中國的農村聯產承包責任制已經成為阻礙農業現代化的制度設計。
當然，改變這種狀況不能操之過急。在沒有更好的制度替代的情況下，政府應該積極引導農民走合作化道路，通過農村互助組織逐步實現規模化生產，自發與市場對接。在壹些商業化程度較高的農村，農民之間的分工已經非常普遍，土地的集約經營基本實現。政府部門要在穩定現有生產關系的前提下，積極鼓勵農民探索更加科學有效的發展道路。
面對國際集約化農業生產，我國以家庭聯產承包責任制為基礎的農業種植規模太小。今後有條件的地方要大力發展集約農業。
二是農業人口嚴重過剩與城鎮化發展滯後的矛盾。提高農業勞動效率必然導致越來越多的農民失去土地。這些農民要麽湧入大城市，要麽就地安置。近年來，關於城市化和城鎮化的爭論實質是關於農民安置方式的爭論。雖然城市化可以壹步到位，但城市化帶來的巨大社會成本是發展中國家難以承受的。城市化的背後，是城市布局的合理性，也是城市基礎設施和吸納能力的問題。當城市控制在壹個合理的規模，能夠在壹定區域內合理布局的時候，城市化和城鎮化就沒有太大的區別了。我們應該摒棄這種思維模式:即在現有城市布局不合理的前提下，討論城市化或者兩端城市化。在我看來，中國現有的城市布局不能滿足未來發展的需要。在廣大的農村，普遍缺乏資金流、信息流、物流緊密結合的小城鎮。因此，未來應該建立更多符合農村地區需求的小城鎮。
但是，小城鎮的發展必然帶來用地矛盾。目前國內壹些地方出現的經濟開發區熱，從某種意義上來說，是中國農村城鎮化發展帶來的問題。在壹些開發區，新的小城鎮已經形成。政府在清理整頓經濟開發區時，要註意小城鎮正常發展和經濟開發區盲目建設的區別，通過政策引導和充分發揮市場作用，逐步將經濟開發區改造成為吸納農村剩余勞動力人口的小城鎮。
根據壹些不贊成發展小城鎮的學者的觀點，城市化是解決中國農村人口過剩問題的唯壹途徑。他們反對發展小城鎮，認為這將降低土地利用效率，形成資源的極大浪費，並鼓勵假冒偽劣產品的泛濫。但是，需要註意的是，城市設計不是積木。在城市布局已經初步定型的情況下，人口翻倍會導致城市功能急劇下降。雖然城市化不可能在現代化的道路上壹步到位，但它可以在短時間內有效解決農村剩余人口的出路問題。即使在壹些發達國家，壹個國家仍有超過50%的居民居住在小城鎮。
第三，農村村民自治與政治機構的不斷擴張之間存在矛盾。村民自治在當代中國具有多重含義。從民主發展的角度看，它是中國民主改革的先行者。從經濟學角度看，尊重農民經營自主權是必要的形式；從社會學的角度來看，是農民自己管理的社區組織結構。然而，中國農民自治機構面臨著政權機構擴張帶來的壓力。在很多地方，村民自治委員會變成了代表政府機關征收稅費的“二政府”，變成了上傳下達的管理機構。在壹些農村地區，農民自治組織與黨的基層組織之間的關系也很緊張，農民自治面臨著難以為繼的局面。
事實上，在最初的自治制度設計中，並不是沒有考慮到農村村民自治面臨的各種問題。但是，由於中國政權機構的不斷膨脹和鄉鎮政府人員的龐大數量，在沒有從自治組織獲得必要的開支的情況下，機構很難運轉。因此，普遍存在鄉鎮機關幹預村民自治的現象。這種幹預既是利益訴求，也是傳統行政思維的延續。如果不改革我國的行政體制，減少或限制政府的行政權力，我國農村村民自治制度就難以繼續發展。
可以說，農業集約化生產與聯產承包責任制之間的矛盾是我國農村諸多矛盾的根源，而農業人口嚴重過剩與城鎮化發展滯後之間的矛盾是我國當代農村問題加劇的根本原因，村民自治組織與政治機構之間的緊張關系是壹系列問題的導火索。解決中國農村問題，不能只從增加農民收入入手，更要看到農業發展面臨的前所未有的危機。在解決“三農”問題時，不僅要從生產關系方面思考問題，還要從上層建築方面尋找解決辦法。只有跳出既有思維模式，才能為解決當代中國的“三農”問題開出壹劑良方。