根據需要，部分病例需要進壹步檢查如常規大便、大便潛血、內鏡檢查(包括乙狀結腸鏡、纖維結腸鏡、電子結腸鏡、超聲結腸鏡)、病理、排便造影、直腸腔內b超、肛門直腸壓力測定、直腸感覺功能測定、盆底肌電圖。
(1)肛腸數字化診斷。肛腸數字診斷是醫生將食指放入患者肛門內，檢查和了解患者肛腸疾病的壹種方法。該方法簡單有效。
通過手指診斷，醫生可以知道患者的肛門直腸是否狹窄、有無瘺管、有無腫瘤生長、有無壓痛、肛門直腸周圍的組織器官等。
雖然檢查方法很多，如CT、經直腸b超、核磁共振等。，它們不能代替肛門指診的作用。臨床上有很多病例，尤其是肛管直腸惡性腫瘤，因為沒有肛指診斷而漏診。因此，數字化肛腸檢查對肛腸疾病的診斷非常重要，應作為肛腸科的常規檢查。
(2)大便檢查。正常糞便由食物殘渣、消化道分泌物、大量細菌和水組成。大便檢查主要用於了解消化道是否有炎癥、出血、寄生蟲感染、惡性腫瘤等。根據糞便的特性和成分，了解消化情況，從而間接判斷胃腸道、胰腺和肝膽的功能狀況。
(3)大便潛血試驗。很多疾病都會引起消化道出血，不同的疾病出血量不同。當出血量很少，肉眼和顯微鏡下都找不到時，就要做大便隱血試驗(又稱大便隱血試驗)來確定是否有消化道出血。這種方法簡單易行，患者只需留少量糞便進行檢測。
結果是陰性(-)和陽性(+~+++)。陰性表示不出血，陽性表示出血，加號(+)越多，出血量越大。這種方法非常敏感，每日出血量在5ml時即可出現陽性反應。但是，如果吃肉、含鐵藥物、綠葉蔬菜等。檢測前可能會造成假陽性，鼻腔少量出血吞咽後也可造成大便潛血試驗陽性，分析時要註意。現在有人用免疫分析法檢測大便中的人體血紅蛋白，可以排除動物血液、鐵、綠葉蔬菜的影響，有的還可以區分出血是來自上消化道還是下消化道。大便潛血試驗是最基本的臨床檢查方法之壹，往往能為某些病變的發現提供重要線索。但部分患者對這項檢查不夠重視，延誤了疾病的及時診斷。因為多次檢測可以讓檢測結果更可靠，而連續大便潛血陽性和偶爾陽性的意義是完全不同的。消化道出血確診後，需要結合患者的癥狀、體征及其他實驗室檢查，進壹步查明出血原因。引起大便潛血的疾病有活動性胃及十二指腸潰瘍、胃癌、結腸癌、腸結核、鉤蟲病、慢性結腸炎、結直腸潰瘍、直腸癌等。
當大便隱血試驗持續陽性時，應考慮惡性病變的可能性。為防止假陽性，檢查前3天內最好不要吃動物肉類和肝臟，以及含鐵較多的食物和藥物，女性最好避開月經期。必要時可以連續檢查幾次。
(4)癌胚抗原的檢測。上皮性惡性腫瘤產生抗原糖蛋白，與胚胎的腸、胰、肝相似，故稱為癌胚抗原，縮寫為CEA。
結腸癌、直腸癌、肝膽疾病、胰腺炎、腸炎等良性疾病患者，胃腸道外惡性疾病(如乳腺癌、子宮癌、卵巢癌)患者血漿CEA升高。癌胚抗原的含量與惡性細胞的活性有關。小腫瘤不能產生足夠的CEA，所以有時CEA不增加。CEA雖然不是結腸癌和直腸癌的特異敏感標誌物，但對術前判斷腫瘤範圍和預後的價值有限，對手術方式和分期的指導意義不大，但對判斷切除是否徹底、是否復發有壹定價值。壹般CEA在復發癥狀出現前3個月開始升高，在遠處轉移中升高迅速，尤其是肝轉移，在局部復發中敏感性最差。
結腸癌、直腸癌根治術後CEA持續升高，說明有早期復發，大部分已擴散，少數為早期復發，可通過切除治愈。此外，化療後CEA持續升高時，應停止化療或采用其他療法。
(5)肛門鏡檢查。指診後肛門鏡檢查和痔檢指診壹樣不可或缺。肛門肌肉呈管狀，不受意識控制的內括約肌通常以壹定的張力閉合肛門，而外括約肌是壹種可以通過意識放松和收緊的肌肉。肛門鏡是壹種金屬器械，分為圓柱形和兩片貝形兩種。在醫院主要用兩種貝類，在閉合狀態下插入肛門，然後壹抓手柄就把前面部分打開。這個儀器可以用來觀察肛門從深到淺的任何部位。插入肛門鏡觀察，取出肛門鏡，再次插入兩三次，360度觀察肛門內部情況。
肛門鏡的厚度比成人手指還薄，而且沒有關節。另外，它是金屬材質的，表面非常光滑，所以插入肛門時沒有任何阻力。同時通過塗抹麻醉潤滑油進行手指診斷，更加順暢。
肛門鏡可以用來檢查以下肛門疾病。
①痔瘡的程度。肛門鏡最容易診斷的疾病是內痔。可以清楚的觀察內痔核的大小，是否出血，是否能從肛門裏出來，如何發展。
最重要的是檢查能否出來，因為將肛門鏡插入肛門後突然拔出，可以拉長痔核，從而檢查痔核的脫垂程度。
②肛裂程度。肛門鏡在肛裂的診斷中也是必不可少的，可以診斷出肛裂的位置、深度、肛裂周圍是否有病變、是否有肛門息肉、程度如何。
(6)直腸鏡檢查。肛門鏡只能觀察到肛門和直腸下部。
如果有較深的病變，懷疑不是肛門疾病，應使用直腸鏡檢查。
直腸鏡是壹種類似肛門鏡的圓柱形金屬器械。插入直腸鏡時，壹般采用提臀膝胸位。這樣就可以用直腸鏡檢查離肛門15 ~ 20 cm深的位置，也就是說可以檢查直腸和大腸的末端。如果出現突然便秘、便秘與腹瀉交替、持續便血等癥狀，就要懷疑是否有直腸息肉、潰瘍性腸炎、癌癥等其他疾病。這時，除了手指檢查和肛門鏡檢查外，直腸黏膜也要用直腸鏡仔細檢查。如果直腸鏡沒有檢測到任何東西，這意味著從直腸到大腸末端沒有其他疾病。
(7)根據排便用力程度進行診斷。通過詢問、觀察、觸診、指檢、肛門鏡、直腸鏡等壹系列檢查，可以完整掌握痔瘡的狀態。這是第壹次檢查的內容，有時需要觀察排便時的情況，即“排便檢查”。
這種檢查在廁所或診室進行，讓患者采取排便姿勢，檢查肛門脫垂。比如患者告訴醫生肛門有脫垂，不壹定是痔瘡。
除了內外痔核外，還有痔核引起的肛門外翻、脫肛、肛門息肉或直腸脫垂。這也可能發生在子宮脫垂的女性身上。
對於外人來說，觀察之後是無法判斷的。因此，在肛門鏡等檢查手段未發現痔瘡時，采取“排便檢查”也是必要的診斷方法。