藏傳佛教學術職稱指導委員會的日常工作由中國藏語系高級佛學院負責。第五條國家宗教事務局和省、自治區人民政府宗教事務部門對藏傳佛教學術職稱的授予進行監督和指導。第二章學術職稱的等級和評定機構的設立第六條藏傳佛教學術職稱分為禪然巴、知然巴、陀然巴三個等級。第七條禪然巴、知然巴學術稱號由省、自治區佛教團體舉辦的藏傳佛教院校授予。拓跋珪的稱號是由中國藏語系高級佛學院授予的。
中國藏語系高級佛學院可根據需要開設中級學術職稱班，授予智然巴學術職稱。第八條藏傳佛教院校應當設立學術職稱評審委員會，負責學術職稱的評審和授予。第九條藏傳佛教院校學術職稱評審委員會的組成人員由所在省、自治區的佛教組織審定，並報省、自治區人民政府宗教事務部門和藏傳佛教學術職稱指導委員會備案。
中國藏語系高級佛學院學術職稱評審委員會成員，經中國佛教協會審定後，報國家宗教事務局備案。
藏傳佛教院校學術職稱評審委員會成員由藏傳佛教院校校長頒發聘書。第十條藏傳佛教院校的職稱評審委員會可以根據需要設立職稱申請資格審查委員會、辯論賽評審委員會和論文答辯委員會，履行下列職責:
(壹)審核學術職稱申請人的相關資料，包括政治思想表現、宗教誠信、學術能力證明、課程考試和辯論考試、論文答辯材料等。；
(二)組織職稱申請人的辯論考試；
(三)組織學術職稱申請人的論文評審和答辯。第三章申請職稱的條件第十壹條申請職稱的人員應當維護國家統壹，反對民族分裂，愛國愛教，遵紀守法；嚴守戒律，信仰正道；具有相應的佛學理論知識和釋經能力，完成教學計劃或相應課程的學習和實踐，符合相應學術職稱的申請條件，成績合格。第十二條申請禪然巴學術稱號，應當具備下列條件:
(壹)較好地掌握了益銘學說、般若學說、正莊嚴學說、入中學說和舍壹切學說；
(二)有從事佛教研究的能力；
(三)具備從事佛教教育活動的基本能力。第十三條申請知然吧學術職稱，應當具備下列條件:
(1)系統掌握《般若經》中的明量論、現觀中的莊嚴論、入中論、舍壹切論、規訓論，在相應研究領域有較深造詣；
(二)具有從事佛教研究的能力；
(三)具有從事佛教教育活動的能力；
(四)能夠用國家通用語言文字進行簡單交流和閱讀。第十四條申請拓跋學術職稱，應當具備下列條件:
(壹)系統深入地掌握因明學量化理論、般若學現觀莊嚴理論、入中舍盡理論、規訓理論，並在相應研究領域取得突出成就；
(二)具有獨立從事佛教研究的能力；
(三)有較強的從事佛教教育活動的能力；
(四)能夠使用國家通用語言文字進行交流和閱讀。第十五條有下列情形之壹的，不具備申請學術職稱的資格:
(壹)道德品質、遵紀守法有嚴重錯誤的；
(二)在課程考試中作弊，情節嚴重的；
(3)論文抄襲他人學術成果，情節嚴重的；
(四)在校期間受到留校觀察處分的。第四章學術職稱的申請和授予第十六條學術職稱的申請人應當向藏傳佛教院校提交《藏傳佛教學術職稱申請表》。第十七條符合本辦法第十二條規定條件的藏傳佛教院校畢業生和寺廟學達到同等學力的學生，可以向寺廟所在省、自治區的藏傳佛教院校申請禪宗學銜。
按照本辦法第十三條的規定，藏傳佛教院校的畢業生和在寺廟學習達到同等學力的學生，可以向寺廟所在省、自治區的藏傳佛教院校申請智然巴學銜。
按照本辦法第十四條的規定，藏傳佛教院校的畢業生和寺廟學達到同等學力的學生，可以向中國藏語系高級佛學院申請拓跋珪學銜。