南先生把佛教修行的壹切理論和事物，都與悟、行、願三綱融為壹體，並按照“物非二，用有別”的觀點，把大小各派，甚至外來各派的教義和修行，都融入了修行三綱，形成了壹個包羅萬象的佛教思想體系。以下分三部分簡單介紹。限於學識和教育水平，難免曲解南先生的思想。請指正。
首先，事物和理性是和諧的
從中國佛教到唐代玄奘大量翻譯佛經，整個佛教界盛行學佛之風，導致普通佛教徒尋幾筆墨跡，貧窮低頭，壹生困於義中，飄流過海忘歸，迷途不歸，修行佛法，沒有任何對應之分。中唐以後，禪宗由南向北傳播。禪宗號稱“教別人，不寫字，直指人心，視自然為佛”，就是針對這種弊端的壹場革命。所有門下的老師都斥責學教法的老師，因為禪宗首先強調人，以修證為第壹要務。修行好了，自然就能經營圓通的境界。
而後世直接尋求修行禪定的人，更關心的是在修根之下建立立足點，拒絕深入禪定的修行，而是拒絕證實。如果少了就夠了，他們就認為是對的，自我標榜。但壹般研究教義，對教義有膚淺了解的人，說禪的澄明是異端，沒有自己的知識。雙方各執壹詞，割裂了理與物的關系，犯了很大的錯誤。到現在，信佛的僧人和習俗有四大派，很多人標榜自己的修行，尤其是普通的佛學者，覺得佛教是站在自己這邊的，而佛學者則以修行的真證向他們挑戰。結果就是學與教之間出現了隔閡，對佛教未來的發展極為不利。南懷瑾先生對佛教原理和事物的基本看法，可以驅散各種偏執的看法。
南先生認為，壹切宗教、哲學乃至科學的最高目的都是追求生命和宇宙的真理。但真理必須是絕對的、真實的、不空洞的，是用智慧去思考、去驗證才能獲得的。【1】佛教就是這麽個道理。任何佛教理論中有這個道理的地方，就壹定有這樣的東西，就是理與理的統壹。[2]佛教徒所說的壹切玄學和世間萬物的知識和本體，都可以從每個人的身心生活中通過實驗來證明，都可以得到證據，這不僅僅是壹場思想上的爭論。[3]因此，南經常強調佛教實際上是超級科學和哲學的偉大實驗之壹。
雲實驗壹定有方法。佛教教人，從凡夫到佛，以教、理、行、果為壹定優先。教學必須通過多聽來加強，推理必須通過思考來解決，結果必須通過培養智慧來證明。【4】所以學佛的人要走知行合壹，努力修改證書。雖然入門方法有差異，但“都要擇善固執，從壹門深入人。能不能把它當柱子，把人管得沒用當梯子？”[5]
但隨著時代的演變，佛教博大精深的玄學理論和實用的修行求證方法，發展出了許多宗教形式和教條教義。在這種情況下，擺脫了傳統限制的禪宗脫穎而出，直接從純粹唯心主義的前提——“心能變物”中尋求大智慧的解脫，絕對自由。只有禪宗的精神和求證的方法，才能真正使人擺脫物欲的困擾，達到精神和靈魂的真正升華。這對於當今這個人類被物質文明所迷惑，理性被人欲所淹沒的世界，應該是壹劑奇妙的消炎提神藥。[6]南進壹步指出，今天的佛教已經不停留在十九世紀佛教與哲學的層面，而是走向了佛教與科學相結合的新趨勢。[7]在談到如何學禪時，他明確提出:“在科學的時代，我們要科學地學禪，要把自己的心理分析清楚。科學越發達的今天，對我們學習佛道越有幫助。這個時代的人應該比過去的人更容易修佛，因為有很多科學理論給予實際的幫助。”[8]但壹般學佛的人往往把佛教看得很高，對科學也不能給予應有的重視。太可悲了！
總之，佛教是壹個有著深厚哲學理論和科學實驗的宗教。其哲學理論往往超越宗教範疇，其科學實證方法是從生命本位的角度來驗證宇宙。其哲學是以科學為基礎來否定狹義的宗教；它的科學是用哲學論證來證明宗教。[9]佛教學者往往只註重佛教哲學理論的探索，實證方面相對欠缺；佛教信徒大多受限於宗教情懷。雖然他們有意練證，精神可嘉，但科學精神和素養不足，很難在練證上有所作為。在科學發展的現代，真的不可能讓人尊重。鑒於當前形勢，有識之士應精研佛經，挖掘這門學問的豐富寶藏，在身心上加以檢驗。以此為基礎，他們可以闡述佛教的哲學，介紹其科學的修正方法，從而自立於世，造福人類。
二、看、修、做三位壹體
佛教的真理可以也必須通過個人的修行來獲得。可以說，修持佛法才是佛法的真命天子。然而，在當今中國的佛教中，推理者多，實踐者少，由於實踐者的缺乏而產生了許多扭曲的理論。這是壹個極其可怕的自我毀滅的危機，所以要認真修正觀念，迅速審視自己，證明自己[10]。欲走修行之路，必先立心，求佛求道，下凡，誓不退無菩提。所以學佛是君子之事，是帝王將相力所不及的。其次，要胸懷寬廣，知識淵博，窮於各種理論，走遍天下，然後才能自學騎乘戒，才能成為自成壹家的樂器。[11]
南把佛教修行的壹切道理和事物，用三個綱來整合:悟、行、願。洞察力是理性；這是壹個問題，希望壹個同行執業證書。按佛教的成語來說，就是“此事”。按照禪宗的說法，就是作用，也就是俗稱的功夫。佛教是導演合壹，所以看、行、練三位壹體缺壹不可。[12]
頓悟是中國的佛教概念，禪宗稱之為“頓悟”，意思是有洞見。【13】真正的頓悟不是普通的頓悟，而是看到了“真相”，也就是所謂的“真相”。如果真的看到了真相，後面的修改和願望都會成功。【14】所以佛經只講頓悟原理。真正的頓悟到了，功夫壹定會到。換句話說，妳的見識到了，但妳的功夫沒到。這種觀點是不正確的。[15]
許願是為了矯正自己的心理行為。【16】矯正心理，必須在心理結上下功夫。心理結把妳解脫到什麽程度，妳就得到了什麽果位，這就是果位的區別。【17】想做壹件事，“做”真的很有見地。做不到，看了也沒用。【18】此行至此，頓悟圓滿，功夫開花結果。古人證了很多果，就是許了願。【19】因此，真正的修行是實現自己的願望，也就是徹底修正自己的心智行為，這是壹個修行者必須始終追求才能達到的人生主題。【20】所謂“眾生皆行其事，我願為之”，是菩薩願望的真實寫照。
佛教修持三綱與佛教中提到的“三體成就”密切相關。永嘉禪師，結合天臺宗和禪宗的精髓，明確指出，從凡夫到佛家，要做到“三體成就”——法身、體報、化身圓滿。三體理論有不同的解釋。南懷瑾說，法身就是法身，乃佛與壹切眾生同如來藏性(即本體)，證法身，斷德，能斷壹切煩惱習氣。自助也叫自助。比如我們的身體是由法身因無明而轉化而生，是自性的。【21】悟道就成了自性，五大神通，圓滿智慧，五大妙用。道成肉身，順應眾生機理，為眾生化身數百億，教化眾生。
南懷瑾認為“頓悟即法身；證書修改時，上報；願望來了，就是化身。三者都在壹念之間。”【22】壹旦想通了，頭腦就能扭轉乾坤，此生就能成，就能成功成就三體。但是佛說，從壹個凡夫到佛，必須經過三個大和尚(極長)的劫，這輩子很難成佛。為什麽說“三體壹心”？他解釋說:佛祖說了壹句阿彌陀佛，可以殺死80億搶奪生死的人。他還經常贊美丁德，這是壹個叢林的優點，可以消除許多搶劫。復雲之後，“劫數不定。”又有雲:地位互通，如“第壹名為十位。”佛陀說，時間、空間和其他方法都是心法的內涵。如果頭腦是專註的，真誠的，那就是我做不到的，我也能安全的做到！【23】這個“念之間”指的是如來藏真心的當下實現，完全賦予了法、報、文化。