科學史家普遍認為，哥白尼構思其理論的動機是，他堅持認為所有的行星軌道都是完美的花園，所有圍繞這些花園的運動相對於花園中心的運動都是完全有規律和統壹的。哥白尼對數字美的部分接受，是繼承了“神創論傳統”中的新柏拉圖主義，尤其是畢達哥拉斯的因素。
從理論上講，哥白尼對亞裏士多德的體系造成了致命的打擊。但在實踐中，要打敗亞裏士多德的體系，壹方面需要等到開普勒和伽利略有進壹步的發現，另壹方面需要等到笛卡爾和牛頓的機械哲學取代亞裏士多德的有機或擬人的世界觀。
17世紀的基督教神創論傳統被劃分為三個主要的亞傳統:唯心論、機械論和柏拉圖主義，分別以凱布尼斯、笛卡爾和牛頓為代表。雖然唯心論在化學、數學等方面起著重要的作用。，機械學派和柏拉圖學派占據主導地位。此外，最終，機械論者獲得了壓倒性的優勢。下面只是簡單介紹壹下笛卡爾和牛頓的自然哲學。
笛卡爾早期深受弗朗切斯科·蘇亞雷斯《形而上學之辯》(1599)壹書的影響。在這本書中，沙勒茲對自然規律進行了新的解釋，提出自然規律不是上帝強加給自然的規律，而是上帝強加給自身的規律。Shalez並不認為非動物生物能夠理解並遵守上帝的法律。因此，自然法則必須由上帝親自實施，並對完全被動的物質起作用。笛卡爾繼承並發展了這壹思想，從而成為基督教世界第壹個提出可以取代亞裏士多德自然哲學的哲學體系的人。這種哲學就是機械哲學。
笛卡爾將物質的被動性與上帝的恒常性和全能聯系起來。物質不僅不能按照上帝的規律行事，甚至沒有上帝的不斷創造也不能存在。從神學上講，笛卡爾的觀點等於說，上帝最初的創造和上帝維護世界的工作沒有本質的區別。用哲學術語來說，笛卡爾的立場叫做偶然性理論。
因為笛卡爾認為物質是完全被動的，沒有內在屬性。他認為物質的本質是它的幾何延展性。因此，物質是由壹定大小、形狀和速度的粒子組成的。對於笛卡爾來說，物質和心靈是完全不同的。因為心靈沒有空間延展性，不可分割。笛卡爾由此成為提出心身二元論現代形式的第壹人。笛卡爾提出二元論的時候，動量守恒還沒有被發現。所以笛卡爾主張人類的心智通過自由選擇來影響人體內某些粒子的方向(而不是速度)。但是，人們很快發現了動量守恒定律，使得笛卡爾的“心靈”無法作用於身體。從此開啟了二元論還原為機械唯物主義的大門。
由於物質的存在和行為完全依賴於上帝，物理定律就成為上帝本性的直接表現。對於笛卡爾來說，上帝最重要的本質是它的永恒性和不變性。由此，我們可以得出以下兩個推論。首先，自然規律就像上帝壹樣永恒不變。在科學家對自然規律的認識深化到物理量守恒定律之前，人們把自然規律等同於自然秩序。因此，自然規律的不變性等價於自然秩序的不變性。後者的壹個直接推論是，任何奇跡都是不可能的。因此不難想象笛卡爾哲學對未來基督教信仰的傷害。
上帝不變性對笛卡爾的第二個推論是宇宙中物質質量和運動守恒，其中笛卡爾的運動定義為物質質量和速度的乘積。笛卡爾把他的守恒原理表述為以下三個原理:1。壹個物體將保持靜止或運動，除非它與另壹個物體碰撞；2.壹個物體會做直線運動，除非被迫做其他運動；3.當壹個物體與另壹個物體發生碰撞時，根據碰撞的七個特殊規則，運動將從較強的物體轉移到較弱的物體。
笛卡爾的上述定律具有相當現代的科學定律形式，但他對運動的定義應該改為物質的質量是其速度的乘積(而不是其速度)。從上述討論中，我們不難看出，現代科學中的“自然法”概念，從根本上說，是從基督教神學或創造傳統中孕育出來的。但從十八經開始，逐漸世俗化，完全脫離了與神的任何聯系。
牛頓屬於柏拉圖主義，當時主要局限於英國劍橋大學。牛頓的新物理學由三個主要部分組成:壹是物質的被動性，這是從笛卡爾、波義耳和摩爾那裏繼承來的(亨利·摩爾，1614-87)；二、絕對空間，繼承自皮埃爾·加塞迪(1592-1655)、摩爾和Lssac Barrow第三是普遍主動性原則，這是從摩爾和巴努那裏繼承來的。這些成分雖然都繼承了機械論傳統和柏拉圖傳統，但也離不開牛頓自身的數學功底和物理體系。
在牛頓的自然哲學中，絕對空間和萬有引力被插在上帝和物質之間。對於牛頓來說，空間是上帝存在的必然效應，既不是物質，也不是關系。對於牛頓來說，引力不是物質的內在本質，而是亞裏士多德宇宙中“最外層的天球”。它不僅是壹切物質運動的直接原因，也是自然和超自然的聯系。
綜上所述，無論笛卡爾的機械哲學還是牛頓的自然哲學，神創論的傳統還是很明顯的。換句話說，在近代歐洲科學世界觀和方法論大革命的背後，有著持續的神創論傳統基礎。雖然科學世界觀和方法論更新了，但神創論的信仰並沒有改變。這裏清楚地顯示了對神創論傳統的超越。