自從現代醫學從西方傳入中國之後，兩種醫學體系的比較就壹直在進行。反對中醫的人曾使用“新醫”、“舊醫”來稱呼它們；支持中醫的人曾使用“西醫”、“國醫”這樣的名稱。當代比較中立的稱呼是“現代醫學”和“傳統醫學”。 世界上的醫療體系大致上可分成：
“擬人論醫學體系”(神學)：認為疾病的發生是由於超自然物（神靈）力量所造成的，如撒旦、鬼、神祇等，巫醫、乩童、符咒等即屬於此類。
“自然論醫學體系”(經驗醫學)：認為疾病的發生是由於自然環境的變化或人的生活方式不正常所造成的，如氣候的變化、飲食習慣、人情緒變化等。中醫學、阿育吠陀、順勢療法等即屬於此類。
“科學論醫學體系”(實驗設計)：經由設立假說、實驗設計，並利用演繹、歸納等方法呈現結果，或借由科學儀器偵測所產生的醫學，是近現代醫學的主流，例如西醫。
其中前面兩者被歸類為傳統醫學或替代醫學，而後者則屬於現代醫學的主流。 中醫診斷疾病是依望聞問切的結果來辨病及辨證，但也有只辨病不辨證（例如急癥或有專病專方時），或只辨證不辨病（例如遇到不知名的疾病、疑難雜癥、或調理體質等）的情況。與西醫在診斷上註重“病”的方式不同的是，中醫常會強調“辯證”。
以感冒為例，西醫師會分辨究竟是病毒性或是細菌性的感染，會鑒別是上呼吸道感染或是合並肺炎；但這些診斷對中醫師而言，卻不是最重要的。以中醫的觀點，需要分辨的是，這是屬於風寒或風熱；若屬風寒則又辨屬於太陽病、陽明病或少陽病；屬風熱則辨別病邪在衛氣營血的哪個階段等。
有些中醫學家認為，中醫學的價值之壹在於方劑，藥方是醫者的經驗結晶。中醫學本身發展的過程即是實驗的醫學，尤其是經過無數的醫家數百年，甚至上千年來的臨床人體實驗反覆使用，證實實際有效而被記載流傳下來的經方、時方等。直接面對疾病，掌握主證，選擇對證的方劑進行加減，不拘泥於理論，以治療疾病，這是中醫精髓辨證論治的本來面目。
現代中醫也有使用中西醫結合的治療方式，尤其在中國大陸，利用現代醫學檢測方法輔助診斷，中醫師可兼用中藥與西藥病患治療。
西主要通過醫學器械、化學檢驗確定病情，然後使用化學制劑、先進醫療設備達到殺死病源體或抑制治病途徑而治疾病，稱為對抗療法。
通常有些病人在患頑固疾病，慢性疾病，和原因不明疾病等疾病時，或者因為現代醫學的發展所限，或者是患者所能獲得的醫療資源所限，沒有治療的辦法時，會求助於中醫。但絕大多數人在外科、及病情惡化快速的嚴重病變的情況下求助於西醫。
壹種疾病可否治愈，其可能性多大在西醫中比在中醫中有明確的統計數字可依循。 傳統上，中醫借由脈象及病人服藥後癥狀的變化等來判斷療效。有些中醫認為中醫學很難進行對比試驗，但現代研究中醫學的學者，亦建立多種實驗動物模型或進入臨床人體實驗，進行對比試驗，來驗證方劑或中藥的療效。
西醫的治療方法和藥劑則是要通過科學的對比試驗（比如使用安慰劑對比）來確認效果。 中醫的典籍大多成書於古代，如成書於戰國時期的《黃帝內經》、東漢的《傷寒論》、明朝的《本草綱目》，使用文言或古人的口語、歌訣記載，今人不易了解，而增加傳播的難度。古代中國官方亦不斷蒐集修訂各類中醫典籍，成為官修醫書，並設有考試制度，而在民間則多以師帶徒或家傳的方式傳承。近現代則成立中醫藥大學或學院等，對中醫學進行的系統整理、研究、教學，而在民間也保留部分師帶徒及家傳方式。
西醫則是根據成文的知識體系進行，如果某種治療方法或藥劑不對或有效，這種知識能很快得以傳播。
壹般認為有經驗的老中醫醫術較高明，經驗對療效有明顯的決定作用。由於中醫強調的辯證方法借用中國哲學中陰陽五行的詞匯來描述，使得經驗很難以被了解。而在醫經、本草、醫案、醫話等各類中醫典籍中，均詳細記載了各種方劑、中藥的使用時機、炮制法、使用禁忌、副作用、誤用後的癥狀及救治方法等。