菌落總數是微生物的指標，不是致病菌。主要用於評價食品的清潔度，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求。菌落總數超標說明個別企業可能未按要求嚴格控制生產加工過程中的衛生條件，或包裝容器清洗消毒不到位；也可能與產品包裝密封不嚴、儲運條件控制不當有關。
(2)大腸桿菌
大腸菌群是國內外常用的食品汙染指示菌之壹。食品中檢出大腸菌群，提示其被致病菌(如沙門氏菌、誌賀氏菌、致病性大腸桿菌)汙染的可能性較大。大腸菌群超標的產品均未檢出致病菌。結合居民膳食結構、抽樣情況等因素綜合分析，健康風險較低，但反映食品衛生狀況不達標。大腸菌群超標可能是由於產品的加工原料和包裝材料的汙染，或生產過程中人員、工具等生產設備和環境對產品的汙染，以及滅菌技術對產品滅菌不徹底造成的。
(3)大腸桿菌
黴菌:黴菌超標的主要原因可能是原料或包裝材料被黴菌汙染，生產加工過程中沒有很好地控制產品的衛生條件，沒有做好生產工具、儀器等設備設施的清洗消毒，或產品的儲存、運輸條件不當。
黴菌和酵母菌:黴菌和酵母菌超標的原因可能是加工原料被黴菌汙染，也可能是流通環節抽取的樣品中黴菌和酵母菌超標，是由於儲運條件控制不當造成的。黴菌和酵母在自然界中非常普遍。黴菌會使食物變質，破壞食物的色、香、味，降低食物的食用價值。
銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa):壹種條件致病菌，廣泛分布於正常人的各種水、空氣、皮膚、呼吸道、腸道中，易在潮濕環境中存活，對消毒劑和紫外線有較強的抵抗力，對抵抗力弱的人有健康風險。天然礦泉水中銅綠假單胞菌超標可能是由於水源保護不當，汙染了水體；生產過程中衛生控制不嚴格，如員工未消毒的手直接接觸礦泉水或容器內壁；或者包裝材料的清洗消毒有缺陷。
黴菌毒素項目(1)黃曲黴毒素B1
花生油產品黃曲黴毒素B1不合格的主要原因是:花生原料在種植、采收、運輸和儲存過程中被黃曲黴等黴菌汙染，企業在生產過程中未嚴格選擇花生原料並進行相關檢測，企業未采用精煉工藝或工藝控制不當。
(2)脫氧雪腐鐮刀菌烯醇
小麥粉中脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)超標可能是由於DON對原料小麥的汙染和企業對原料控制不嚴造成的。脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)是谷物黴變的重要指標之壹，是汙染谷物和動物飼料的最廣泛的天然毒素之壹。在潮濕的環境中，被黴菌汙染的大麥、小麥、玉米和燕麥中可能產生更多的DON。食用被DON嚴重汙染的麥片的人會出現嘔吐、腹瀉、頭痛、頭暈等中毒癥狀。保持谷物和食物幹燥是避免這個問題的關鍵。
添加劑項(1)食用色素
有甜味劑(主要是甜蜜素、糖精鈉、安賽蜜K等)的情況。)超範圍或超限量用於食品中。原因可能是企業為了增加產品的甜度，超限量或超範圍使用甜味劑，或者沒有準確計量甜味劑；個別蜂蜜產品中檢出甜味劑，也存在摻假的可能。
防腐劑(主要是苯甲酸、山梨酸、脫氫乙酸等。)超範圍或超限量用於食品中。原因可能是企業為了增加產品的保質期或者彌補產品生產過程中衛生條件差而超出限量和使用範圍，或者是沒有準確計量。
存在食用色素(主要是檸檬黃、日落黃、胭脂紅、誘惑紅、莧菜紅、亮藍等。)都是超範圍或者超界限使用的。原因可能是企業為了提高產品銷量，或者為了彌補原料質量低而添加過多，或者沒有經過準確的計量。個別產品食用色素超標不能排除摻假。
(2)鋁殘渣
含鋁食品添加劑(如明礬)是合法的食品添加劑，按標準使用不會對健康造成危害。根據國家食品安全風險評估專家委員會完成的中國居民膳食鋁暴露風險評估結果，我們日常飲食中的含鋁食品對普通居民健康產生不良影響的可能性不大，但長期食用高鋁食品的消費者應引起註意。鋁殘留超標的原因可能是個別企業為了改善產品口感，在生產加工過程中使用了含鋁添加劑，或者其使用的復合添加劑中鋁含量過高。
(3)二氧化硫
二氧化硫是食品加工中常用的漂白劑和防腐劑。進入人體後，最終會轉化為硫酸鹽，隨尿液排出體外。少量二氧化硫不會給人體帶來健康危害，但過量食用會引起惡心、嘔吐等胃腸道反應。二氧化硫不達標的原因可能是個別生產者為了降低成本使用劣質原料，然後為了改善產品顏色而過量使用二氧化硫；也有可能是用的時候沒計量或者不準；也有可能為了增加香料的保質期，防止黴變、防蟲，違規熏蒸或添加二氧化硫。
(4)脫氫乙酸
脫氫乙酸及其鈉鹽作為廣譜食品防腐劑，毒性低，按照標準規定的範圍和用量使用安全可靠。脫氫乙酸超標的原因可能是個別企業為防止食品腐敗而過量使用該添加劑，或其使用的復合添加劑中該添加劑含量較高；也可能是添加過程中沒有計量或者不準確。
(5)納他黴素
納他黴素是壹種食品防腐劑，進入人體後基本無毒，不易被消化道吸收。納他黴素超標的原因可能是個別企業為防止食品腐敗而過量使用該添加劑，或者其使用的復合添加劑中該添加劑含量較高；也可能是添加過程中沒有計量或者不準確。
質量項目(1)酸值(價格)
酸價(化合價)主要反映食品中油脂的酸敗程度。酸價(價格)不合格的主要原因是:原料采購把關不嚴，如食用植物油、炒貨、堅果制品水分含量高，會加速油脂酸敗；生產工藝不達標，如精煉植物油不到位或不精煉；產品儲存條件不當，尤其是夏季，受氣候和環境影響更大，容易導致食品中的脂肪氧化酸敗。油脂酸敗產生的醛酮類物質長期攝入會對健康產生壹定影響，但壹般情況下，消費者在使用過程中可以明顯分辨出有光暈等氣味，需要避免食用。
(2)導電性
電導率是衡量水純度的壹個指標。該類產品指標不合格的可能原因是:生產過程存在問題，過程控制不嚴，反滲透濾膜長期未更換，過濾設備清洗不徹底。
(3)過氧化值
過氧化值主要反映油是否氧化。隨著油脂的氧化，過氧化值會逐漸升高。雖然不會危害人體健康，但嚴重時會導致腸胃不適、腹瀉等癥狀。過氧化值超標的原因可能是成品油變質，或者是產品在儲存過程中環境條件控制不當，導致油品酸敗；也可能是原料中的脂肪已經被氧化，原料儲存不當，沒有采取有效的抗氧化措施，使得最終的成品油被氧化。此外，植物油精煉不充分也可能導致食用油、油脂及其制品過氧化值不合格。
(4)揮發性堿性氮
揮發性堿性氮是動物性食品腐敗的指標。揮發性鹽基氮含量越高，氨基酸被破壞越多，對營養價值的影響越大。揮發性鹽基氮超標，說明生產用生肉可能不新鮮；也可能是肉制品衛生條件控制不當，腌制過程中被細菌汙染，導致超標。
(5)酒精含量
酒精度也叫酒精度數，是指100毫升葡萄酒在20℃時所含乙醇(酒精)的毫升數。酒精度是白酒產品的重要理化指標，酒精度不合格主要影響產品質量。酒精度不合格可能是個別企業生產過程控制不嚴格或生產工藝水平低，不能有效控制酒精度；也可能是個別企業為了降低成本，故意擡高酒精度，以此提高銷售價格，欺騙消費者；也不排除廠家檢測儀器測量不準，檢測結果有偏差。
(6)氨基酸態氮
氨基酸態氮是醬油的特征質量指標之壹。氨基酸態氮含量越高，醬油質量越好，鮮味越濃。氨基酸態氮不合格主要影響產品的風味。氨基酸態氮含量不達標，可能是因為產品生產工藝不符合標準要求，沒有達到要求的發酵時間；也可能是產品配方缺陷的問題；也可能存在個別企業為了降低生產過程中的成本而故意摻假的情況。
其他項目(1)線索
鉛屬於重金屬汙染物指標，主要由環境汙染帶入原料，說明生產企業對原料把關不嚴，使用鉛含量超標的原料，不排除從生產設備遷移到食品中的可能。
(2)溴酸鹽
溴酸鹽是飲用水生產商使用臭氧對原水消毒時產生的副產品。目前國際上對其對人體的致癌危害尚無定論。包裝飲用水中溴酸鹽含量主要與水源中的溴化物含量或消毒中臭氧的用量有關。如果水源中溴化物含量高或者臭氧加入量大，最終產品溴酸鹽可能超標。
(3)苯並芘
苯並芘超標的主要原因可能是生產加工過程中溫度控制不當或加工時間不合理，也可能是原料存放不當或幹燥不當。
(4)羅丹明b
羅丹明B是壹種亮粉色的合成染料，已被列入《食品中易濫用的非食用物質和食品添加劑名錄(第壹批)》，不允許在食品中使用。羅丹明B的檢測反映出很可能是企業為了讓產品光亮而非法添加了該物質，也不排除該物質是添加到購買的原料中。
食品安全檢測的常用方法色譜技術色譜中常用的方法有氣相色譜法、高效液相色譜法、薄層色譜法和免疫親和色譜法。
氣相色譜能夠準確、靈敏地進行快速定性和定量分析，廣泛應用於食品安全檢測中的天然毒素、農藥、食品添加劑和獸藥的檢測。薄層色譜法是20世紀30年代發展起來的壹種分離分析方法。該儀器簡單方便，應用廣泛，但靈敏度不高。薄層色譜廣泛應用於農藥、毒素、食品添加劑等，在定性、半定量和定量分析中發揮著重要作用。質譜是壹種測量離子荷質比的分析方法。質譜作為壹種理想的色譜檢測器，不僅特異性強，而且檢測靈敏度高。色譜和質譜結合了它們的優點，成為分析化學的研究熱點。其中，氣相色譜-質譜(GC-MS)和液相色譜-質譜(LC-MS)應用廣泛。前者用於有機物的定性定量分析，後者通常用於極性大、熱穩定性強、難揮發的樣品分析。
光譜分析是利用物質對電磁輻射的發射和吸收，以及物質與電磁輻射的相互作用而建立的方法。它是通過輻射能與物質的組成和結構之間的內在聯系和表現形式，以光譜測量為基礎的方法。也是壹種無損、快速、分析成本低的檢測技術。其中，拉曼光譜、紅外光譜、近紅外光譜和熒光光譜在食品安全檢測中應用廣泛。
生物技術生物檢測技術近年來發展迅速，在食品檢測中備受關註。因為大部分食物來源於動植物等自然生物，自然具有區分物質和反應的能力。生物技術是利用生物材料與食品中化學物質之間的反應來達到檢測的目的，在食品檢驗中顯示出巨大的應用潛力，具有生物識別功能專壹、選擇性高、結果準確、靈敏、特異、微量、快速等優點。廣泛使用的方法包括酶聯免疫吸附試驗、PCR、生物傳感器和生物芯片技術。
酶聯免疫吸附試驗(ELISA)是壹種基於免疫酶學的免疫分析方法，它結合了抗原抗體反應的高度特異性和酶的高效催化作用。其基本原理是以酶標抗原或酶標抗體為主要試劑，通過復合體中酶催化的底物顯色反應來定性或定量測定待測物質，廣泛應用於農獸藥殘留、非法添加物質、生物毒素、病原微生物、轉基因食品等食品安全檢測。如恩諾沙星、克倫特羅、奇異變形桿菌的測定，嗜堿耐鹽。PCR技術，即聚合酶鏈式反應技術，是壹種體外酶促合成和擴增特定DNA片段的方法。它是調查食源性疾病爆發和識別應對病原體的有用工具。由於其特異性強、靈敏度高、準確快速，在食品檢測領域得到了廣泛的應用。生物傳感器是壹種將生物識別元件與目標物質結合起來的物理傳感器。它具有特異性高、靈敏度高、反應速度快、成本低等優點，已成為食品檢測中的重要工具。主要用於食品添加劑、致病菌、農藥和抗生素、生物毒素等的檢測。如快速測定食品中的亞硝酸鹽、鼠傷寒沙門氏菌、有機磷和氨基甲酸酯、黃曲黴毒素B1。生物芯片法是集分子生物技術、微加工技術、免疫學、計算機等技術於壹體的全新微量分析技術。分析過程集成在芯片上，實現樣品檢測的連續化、集成化、微型化和信息化。在食品安全檢測中，可應用於食源性微生物、病毒、藥物、真菌毒素和轉基因食品的檢測分析。