縣級以上地方中醫藥主管部門負責本行政區域內中醫診所的監督管理工作。
縣級中醫藥主管部門負責本行政區域內中醫診所的備案工作。第二章病例準備第四條舉辦中醫診所的，應當向診所所在地的縣級中醫藥主管部門備案後，方可執業。第五條中醫診所應當具備下列條件:
(壹)個人開辦中醫診所，應當具有中醫執業資格證書並經註冊後在醫療、預防、保健機構執業滿三年，或者具有中醫(專科)執業資格證書；法人或者其他組織舉辦中醫診所的，診所主要負責人應當符合上述要求；
(二)符合《中醫診所基本標準》；
(三)中醫診所名稱符合《醫療機構管理條例實施細則》的有關規定；
(四)符合環境保護和消防的有關規定；
(五)能夠獨立承擔民事責任。
《醫療機構管理條例實施細則》規定，任何單位和個人不得申請設置醫療機構或者舉辦中醫診所。第六條中醫診所應當提交下列備案材料:
(壹)《中醫診所備案信息表》；
(二)中醫診所主要負責人的有效身份證明、醫師資格證書和醫師執業證書；
(三)其他衛生技術人員名錄、有效身份證明和資格證書；
(四)中醫診所的管理規章制度；
(五)醫療廢物處理方案和診所周邊環境的說明；
(6)火災應急預案。
法人或者其他組織舉辦中醫診所的，還應當提供法人或者其他組織的資質證明、法定代表人的身份證明或者其他組織代表的身份證明。第七條備案人員應當如實提供有關材料，反映真實情況，並對其備案材料實質內容的真實性負責。第八條縣級中醫藥主管部門收到備案材料後，對材料齊全、符合備案條件的予以備案，並當場頒發《中醫診所註冊證》；材料不齊全或者不符合備案要求的，應當當場或者自收到備案材料之日起五日內告知備案人需要補正的全部內容。
國家逐步推進中醫診所管理信息化，有條件的地方可以實行網上申請備案。第九條中醫診所應當在診所顯著位置公示《中醫診所註冊證》和衛生技術人員信息。第十條中醫診所人員、姓名、地址等實際設置應與《中醫診所登記證》記載壹致。
中醫診所的名稱、地點、主要負責人、診療科目、技術等備案事項發生變更的，應當及時到原備案機關辦理變更事項的備案。第十壹條禁止偽造、出售、轉讓、出借《中醫診所登記證》。第十二條中醫診所應當按照備案的診療科目和技術開展診療活動，加強診療行為、醫療質量和醫療安全管理，遵守中醫藥防治技術相關感染的相關規定。
中醫診所發布醫療廣告應當遵守法律法規，禁止虛假、誇大宣傳。第十三條縣級中醫藥主管部門應當自頒發中醫診所備案證明之日起20日內，在其政府網站上公開本轄區內備案的中醫診所信息，便於社會查詢和監督，並及時將本轄區內中醫診所備案信息報送上壹級中醫藥主管部門。上壹級中醫藥主管部門應當進行核查，發現不符合本辦法規定的記錄項目，應當在三十日內予以糾正。第三章監督管理第十四條縣級以上地方中醫藥主管部門應當加強對中醫診所的合法執業、醫療質量安全和診療管理的監督管理。第十五條縣級中醫藥主管部門應當自中醫診所備案之日起30日內，對已註冊的中醫診所進行現場核查，核實相關材料，並定期進行現場監督檢查。第十六條有下列情形之壹的，中醫診所應當向當地縣級中醫部門報告，縣級中醫部門應當註銷備案並及時向社會公告:
(壹)中醫診所停止執業壹年以上的；
(二)中醫診所主要負責人被吊銷執業證書或者被追究刑事責任的；
(三)開辦中醫診所的法人或者其他組織依法終止的；
(4)中醫診所主動終止執業活動。