地方各級人民政府交通主管部門或者其設立的航運管理部門(以下簡稱交通主管部門)，依照本規定負責本行政區域內水路運輸服務業的行業管理。第六條水路運輸服務業管理應當遵循合理布局、便捷服務、有序競爭和適應運輸市場發展需要的原則。第七條水路運輸服務企業應當遵循方便、快捷、準確、經濟的經營原則，為旅客、托運人、收貨人和承運人提供服務。
水路運輸服務企業應當遵守中華人民共和國的法律、法規和規章，接受主管機關的監督和管理。第八條凡從事水路運輸服務的企業，必須經交通主管部門批準，並取得《水路運輸服務許可證》後方可經營。
外資企業、中外合資企業、中外合作企業(以下簡稱“外資企業”)須經國務院交通主管部門批準。第二章審批條件和程序第九條設立水路運輸服務企業，應當具備下列條件:
(壹)有穩定的水路運輸客源、貨源和航運業務；
(二)有與其業務範圍相適應的組織機構和專業人員；
(三)有固定的經營場所和必要的業務設施；
(四)註冊資本最低限額符合下列要求:
1，船舶代理業務20萬元；
2、客貨運輸代理業務，30萬元；
3、同時經營船舶代理和客貨運輸代理業務的為50萬元。第十條申請設立水路運輸服務企業，由申請人向擬設立水路運輸服務企業所在地縣級交通運輸主管部門提出申請，縣級交通運輸主管部門審核後轉市(設區的市，下同)交通運輸主管部門審批，並報省級交通運輸主管部門備案。
申請設立從事水路運輸服務的“三資企業”，由申請人向擬設立“三資企業”所在地縣級交通主管部門提出申請，經各級交通主管部門逐級審核後，由省級交通主管部門轉報國務院交通主管部門審批。
沒有申請人所在地縣級人民政府交通主管部門的，由申請人直接向市(含直轄市)交通主管部門提出申請。第十壹條申請設立水路運輸服務企業，應當提交下列文件:
(壹)水路運輸服務企業開業申請書；
(二)可行性研究報告；
(三)企業章程草案；
(四)當地工商行政管理部門出具的《企業名稱預先核準通知書》予以登記；
(5)資信證明；
(六)辦公場所產權證明(或租賃證明、協議等。);
(七)主要投資者同意設立企業的文件(董事會決議、合資協議或經濟擔保人證明)；
(八)企業負責人和主要業務人員的姓名、職務和身份證明；
(九)國務院市交通部門規定的其他文件。第十二條縣級交通主管部門應當自收到水路運輸服務企業開業申請等文件之日起10日內，提出審核意見並報市交通主管部門，或者逐級上報國務院交通主管部門。
國務院交通主管部門和直轄市(含直轄市)交通主管部門(以下簡稱審批機關)應當在30日內決定批準或者不批準水路運輸服務企業開業申請。批準設立的，發給水路運輸服務許可證(以下簡稱許可證)。第十三條水路運輸服務企業應當憑審批機關頒發的許可證書，按照有關法律、法規的規定辦理企業登記和稅務登記手續。第十四條申請人取得許可證後無正當理由超過180天未開業的，審批機關應當吊銷其許可證。第十五條許可證書的有效期為3年。
水路運輸服務企業在許可證有效期屆滿需要繼續從事水路運輸服務業務的，應當在許可證有效期滿前30日內向審批機關申請換發許可證；未按本規定申請換發許可證的，許可證期滿自動喪失水路運輸服務經營資格，審批機關應在辦理註銷手續後，通知工商行政管理部門依法註銷該企業的營業執照或營業執照中的相關項目。