醫學理論
《黃帝內經》學術體系中的醫學理論內容，基本上可以用歷代醫家對《黃帝內經》的分類來概括。在對《黃帝內經》進行分類的註釋者中，比較有代表性的有:唐代楊尚山的《太素》被歸類為19；元代華壽《讀平話》歸類為11；明代張介賓《井磊》歸入11；李仲梓的《黃帝》被歸類為1。主要內容如下:
藏象:是研究臟腑、經絡、身體、竅的形態結構、生理活動規律及其相互關系的理論。它是《黃帝內經》學術體系的核心。“象”是指外在的生命現象，既包括身體四肢臟腑血管及其動態變化的有形形象，也包括各種無形的生理和心理現象；“藏”是指藏在體內的有形和無形的臟腑、經絡、精氣及其無盡的活動。藏象理論主要包括臟腑、經絡和精氣。同時，人類活動與自然、社會、人事密切相關，所以當人們探索人類生命活動時，就聯系在壹起進行研究，這也成為藏象內容的有機組成部分。
疾病:關於異常的生命活動，有兩部分:壹是病因病機。病因就是生病的原因。病機是解釋疾病發生、發展、變化和轉歸的機制和規律，其內容包括發病、病理、傳變等。其中病理學主要探討表裏不符、寒熱進退、邪實虛實等病理變化的機制。二是討論疾病的概念、分類和臨床表現，即病證。在《黃帝內經》中，大部分疾病都是用“病”、“癥”、“癥”來表述的，有的地方提到“證”，證就是癥的代名詞。《黃帝內經》著眼於整體的異常功能和階段性變化的本質，後世將其概括為“證”，體現了中醫疾病理論的特點。
診斷:關於疾病的診斷方法，包括診斷原則、診斷方法和判斷規則。《黃帝內經》深刻闡述了中醫的診斷原則，主要是創造性地提出了四診望、聽、問、詢的直接觀察檢查方法。另外，在疾病的判斷規律方面，《黃帝內經》以“察病機”為中心判斷疾病的特點，體現在對疾病的臟腑、經絡、病因的辨證上，實際上是後世證候診斷的源頭。
治療:《黃帝內經》不僅闡述了天人合壹、身心和諧、防病治病的治療思想，而且主要闡述了治療原則和方法。治則是指導治療和療法的準則和規律，如求病根、調陰陽、導形勢等。治療方法不同於無形的策略技巧和有形的治療措施。前者稱為治法，如解表、解表、理氣、活血等。後者稱為療法，如藥物療法、針灸療法、飲食療法、心理療法等。《黃帝內經》記載了多種療法，並論述了其治療原則、使用方法和禁忌。《黃帝內經》治療內容豐富，形成了完整的治療體系。
養生:即養命，包括兩個方面:壹是養病，目的是強身健體，延緩衰老，預防疾病。《黃帝內經》基於對疾病和衰老的認識，確立了“治絕癥”的思想，提出了外避邪、內養正氣的原則，以及各種養生方法，建立了獨特的中醫養生理論。二是病後康復。
以上內容不包括陰陽五行運氣理論。陰陽五行是戰國秦漢時期的主流哲學，是中國古代自然科學的認識論和方法論。在《黃帝內經》的學術體系中，雖然包含了具體的醫學內容，但其主要功能也是論證和規範醫學知識和理論的方法論工具，因此並不包含在醫學理論中，而是歸為醫學基礎的哲學部分。運氣論不僅論述了氣候變化規律與生物生存、人體生理病理的關系，還探討了治療和處方的原理和原則。其中還包含豐富的藏象、病機、病證、診斷與調養等內容。它屬於綜合理論，應該作為壹個專題來研究，不是醫學理論的固有部分。
醫學基金會
《黃帝內經》學術體系的醫學基礎，無論其內在內涵、表現形式、研究方法還是形成過程，都廣泛涉及中國古代傳統科學的各個領域，主要包括哲學、天文歷法、氣象學和社會學。
哲學:戰國秦漢時期，科學技術處於萌芽狀態。在醫學領域，要完全了解動物和人體的器官組織的功能，即使解剖也很難，要把實體性的器官組織和生命現象完全結合起來就更難了。醫學研究只能借助自然哲學在日常生活和醫學實踐的基礎上進行，所以精、陰陽、五行學說不僅成為《黃帝內經》學術體系的方法論基礎，而且滲透到中醫理論的各個部分，還借助其哲學術語表達醫學概念。具體來說，哲學的作用是指導醫學活動的方向，賦予醫學觀察和醫學實踐以具體的內容；二是常規醫學概念的獨特內涵和表達方式；三是建立推理體系和理論模型。
天文歷法、地理、氣象:在天地之間，在大氣之中，在大範圍的時空條件下，人類必須認識和把握自然，進而適應自然，利用自然為自身的生存和發展服務；同時，中醫是壹門應用學科，它的建立、發展和成熟也依賴於其他學科，這也成為醫學理論形成和確立的基礎。
社會學:《黃帝內經》很多章節闡述了古代社會和醫學的起源和發展。隨著社會的發展，私有制的建立，經濟、政治、文化交流增多，疾病也越來越復雜。單純的湯藥已經不能滿足臨床的需要，因此發展成多種劑型和治療方法。此外，《黃帝內經》還包含了大量的社會經濟狀況、風土人情、心理社會地位變化及其與疾病關系的記載，貫穿於病因、發病、診斷、治療、養生等理論之中。它把人類與社會生活環境的失衡作為重要致病因素，豐富了中醫病因學理論；它重視在疾病防治過程中糾正社會致病因素，並將其作為疾病防治的重要原則，完善了中醫疾病防治理論，為中醫社會心理醫學模式奠定了理論基礎。此外還有農學、數學、物候學等。對《黃帝內經》醫學理論的形成有重要影響，也是其學術體系形成的基礎。