動物醫學在中國傳統醫學中也占有重要地位。早在3000年前，中國勤勞的人民就把蜜蜂當作藥物。早在《詩經》中就有鳥、獸、蟲、魚的記載。書中記載的動物約有160種，其中有許多是食用和藥用的，這些動物的名稱中還有壹些“蟲”、“魚”、“浣熊”等偏旁部首，可見古代就有動物分類的意識。此外，春秋戰國時期的《山海經》也記載了67種動物藥。
從我國古代醫學書籍中可以看出，秦漢時期的《神農本草》記載了65種動物藥物，其中鹿茸、麝香、牛黃等藥物至今仍在現代醫學中使用。中國第壹部正式的本草綱目《新修本草》收錄了128種動物藥。明代李時珍所著《本草綱目》載有461種動物藥。清代趙學敏的《本草綱目》載有128種動物藥。《現代中藥詞典》收錄了740種動物藥。當然，這個草書主要記錄的是藥材的味道，不算動物種類。據統計，我國可供藥用的動物有900多種。
植物不僅具有觀賞價值，還具有非常珍貴的藥用價值，是豐富的中藥寶庫。根據現代植物分類學常用的分類方法，每種藥物按其原植物的自然分類系統，分為門、綱、目、科、屬、種，以種為基本分類單位。
蘄蛇:目前中草藥90%是植物，包括根和根莖約200-250種。果實種子約180-230種。花的種類大概有60-70種；皮革藥材約有30-40種；草本植物約有160-180種；葉類藥材約有50-60種；藤類藥材約有40-50種；約20種菌藻藥材；20-25種加工植物。
在長江流域和我國南方廣大地區，喜溫喜濕的種類很多，葉、全草、花、藤、皮占很大比重。在黃河以北的廣大地區，根及根莖類藥物占多數，其特點是耐寒、耐旱、耐鹽堿，其次是果實類藥物。東北栽培種以人參、細辛為代表。野生種以黃柏、防風和龍膽草為代表。華東栽培品種有貝母、金銀花、延胡索、白芍、厚樸、白術、牡丹皮。野生種以夏枯草和側柏為代表。華南栽培品種有砂仁、檳榔、益智仁、佛手、廣藿香。野生種以何首烏、防己、草果、金釵石斛為代表。華北栽培品種以黨參、黃芪、生地、山藥、金銀花為代表；野生種以黃芩、柴胡、遠誌、知母、酸棗仁、連翹為代表。華中栽培品種有茯苓、山茱萸、辛夷、獨活、續斷、枳殼。野生種以半夏為代表。西北地區栽培品種以天麻、杜仲、當歸、黨參、枸杞為代表。野生種以甘草、麻黃、大黃、秦艽、肉蓯蓉、鎖陽為代表。西南栽培品種有黃連、杜仲、川芎、附子、三七、郁金、麥冬等。野生種以川貝母、羌活為代表。
礦物藥分為十二大類:鈉化合物、鉀化合物、銨化合物、鎂化合物、鈣化合物、鋁化合物、矽化合物、錳化合物、鐵化合物、銅化合物、鋅化合物、砷化合物。
石頭和玉雖然死了，但也發揮著重要的作用。金可以鎮定精神，強健骨髓，銀可以鎮靜五臟，安神定誌。銅可以治腋臭，鐵可以治脫肛等等。瑪瑙主要用於治療眼球上的白膜，應時用於治療胸腹部的致病因素，雄黃用於治療惡瘡、痔瘡和肌肉壞死。
明礬是從明礬石中提煉出來的晶體。關於它有壹個有趣的故事。從前，有壹位醫生守口如瓶，從不告訴任何人他的秘方。尤其是他有壹個治砒霜中毒的妙方，非常有效，很多醫生都想盡辦法去弄。壹個同事想了個辦法，把他灌醉，假裝:“酒裏有砒霜。”又驚又醉，他泄露了秘密——“快把明礬給我喝了”。原來他解除砷中毒的秘方，其實是不值幾分錢的明礬。
水是萬物化生之源。在天上變成了雨、露、霜、雪，在地下變成了海、河、泉、井。水的流動與靜止，冷與暖，是不同水分形成的差異；水的甜和苦是水的不同味道。所以古代先賢通過區分九川水土的不同來區分九州周圍的人性善惡和壽命長短。水失則血盡，水谷不進則衛氣絕。在這種情況下，對於水的性別和口味差異。尤其是預防和治療疾病的醫生，更應該認真仔細地學習。秋露之水，夜間承寒氣，煎服調肺藥，培植各種治疥癬蟲癤之散。甘泉水可用於治療心臟和腹部疼痛和惡臭等疾病，還可治療心煩、口渴、惡心和嘔吐等癥狀。
此外，有些石頭也是很有價值的藥材。牛黃是臨床常見的壹種動物結石，是牛、水牛的膽囊、膽管或肝管內的結石。具有化痰、利膽、鎮驚的作用。用於治療小兒發熱、譫妄、癲癇、驚風、抽搐，現代用於治療日本腦炎等疾病。馬寶是馬科動物胃腸結石，具有清熱解毒、鎮驚化痰的作用。狗寶是犬類劫犬胃中的石頭，能降氣、解郁、解毒。猴棗是猴子等動物內臟中的壹種結石，具有祛痰、鎮驚、消除熱毒的作用。在古代被稱為治療熱痰的聖藥。
中國歷史悠久，地形復雜，幅員遼闊，氣候多樣，為動植物和礦產的繁衍創造了優越的條件。從歷史上看，我國第壹部本草專著《神農本草經》只收錄了365種藥物，後來的《本草筆記》(梁代)收錄了730種藥物，是《神農本草經》的兩倍。在新修訂的《本草綱目》(唐代)中已經發展到1774種，明代的《本草綱目》已經收錄了1892種藥物。據統計，新中國成立後我國中藥材共有13268種，其中動物藥材403科，1634種；植物藥369科，11471種；4種藥物163種，其余為民間和民族藥物。現代科學技術的高度發展也加快了中醫分類的步伐，進入了壹個全新的發展時期。