“呼風喚雨”、“點石成金”、“穿越時空”、“預知吉兇”的能力，與氣功無關。氣功只能為長壽增光添彩，不能使人成為“超人”。
關於氣功的爭論由來已久，甚至可以說爭論貫穿了氣功的整個發展過程。既有學術爭議，也有非學術爭議；不同的論點對氣功有不同的意義。爭論的主要內容大概包括以下幾個方面。
靜態與動態的爭論
因為氣功功法分動靜兩種，關於動靜優劣的爭論由來已久。有莊子、老子的學說，有孔子及其弟子的禪定，有《內經》提倡的“無”，有佛教的禪定，有道教的周日等等。倡議包括《呂氏春秋》“流水不腐”的理論和《內經》的指導原則，以及五禽戲、八段錦、易筋經的手法。這種純學術的爭論極大地促進了氣功的發展和完善。“該動者靜，該動者靜”的觀念幾乎被所有人接受，氣功在理論和實踐上與中醫養生融為壹體。這些都是很好的例子。
上世紀五六十年代是氣功的大發展時期，這壹時期武功似乎“獨霸清靜”。河北引進的內功修煉和後期力量練習，上海的三線放松練習，兒童冥想法，都是靜態練習。
值得壹提的是，20世紀50年代，首次出現了“動靜”之外的學術爭論。資料顯示，當時發表在《中醫雜誌》上的壹篇論文，提出了與作者劉關於氣功療法實踐的“商榷”，如氣功的定義、氣功原理假說等。劉雖然沒有回應，但他從實際情況出發，接受了作者的壹些意見，《氣功療法實踐》再版時對氣功定義的修改就是壹例。
上世紀八九十年代，學者們再次就氣功的“運動”展開爭論。它的起源可能與張文江等人的《生命在於靜——中國傳統氣功養生原理的真諦》(陜西人民出版社，1989)有關，該書將氣功養生的“真諦”概括為靜，這不僅是“倡議派”所不能接受的，也與流行的“生命在於運動”的說法相悖，所以關心這壹爭論的人遠不止氣功界。為此上海中醫雜誌從1990到1992連續發表相關文章，對氣功中的“動靜觀”進行了辯論。這場爭論雖然最後沒有形成“標準答案”，但和五六十年代的爭論是壹樣的。爭論雙方的初衷都是熱愛和關心氣功，所以爭論的結果對氣功學術的發展起到了積極的引領作用。
對外部因素的爭議
關於氣功外氣的爭論，大概是氣功史上最激烈的爭論了，這種爭論也是近代才有的。氣功“外氣”，古代稱為“散發氣”，最早出現在晉代。古代的解釋是:“學道養氣的人，心滿意足了，就可以把氣給別人...這就是所謂的散發氣。也就是說，認為壹個訓練有素的人把自己“多余”的氣給了別人，所以被現代人稱為“內氣外放”，簡稱“外氣”。
歷代氣功文獻中的“配氣”處於“散論”狀態，五六十年代未見，70年代末開始興起。《自然》雜誌自1978創刊號以來，發表了許多上海等地學者關於外氣研究的論文，引起了廣泛關註，“外氣熱”也隨之形成並迅速升溫，以至於“外氣”在相當壹段時期內幾乎成為氣功的代表，“外氣=氣功”、“氣功=外氣”的觀點被廣大群眾廣泛接受。
然而，關於外界空氣的爭論卻接踵而至，延續至今，其“熱度”始終隨著外界空氣熱度的變化而波動。《洋氣貢獻報告》的發表、2000公裏外洋氣對物質和分子作用的研究、洋氣參與撲滅大興安嶺森林大火、七公成功預測衛星發射，使“洋氣熱”及其爭論達到頂峰。
關於外國天然氣的爭論主要有兩點。壹個是外來氣體到底有沒有。二、外氣的作用是什麽？前者處於“正”(信洋)與“反”(不信洋)之爭；後者是“積極的”內部的爭論。與上述關於氣功的爭論不同，由於外氣不是氣功的“主體”，不能代表氣功，所以這場爭論對氣功的發展弊大於利，尤其是當外氣被誤認為氣功時，對氣功幾乎是致命的。
關於功能的爭論
氣功有效果嗎？氣功的作用有多大？這是爭論的另壹個焦點。在各種觀點的基礎上，對氣功作用的看法大致可以分為三種:第壹種是“全方位肯定”——不適當地誇大氣功的作用，使之荒誕不經，無所不能。表達這種觀點的人看似用心良苦，結果卻是“拔苗助長”，得不償失。二是“全盤否定”——任意貶低甚至詆毀氣功的作用。值得壹提的是，他們中的很多人，無論是死忠的“正”，還是死忠的“負”，根本沒有接觸過氣功。都是基於自己固有的氣功知識和豐富的想象力發表自己的見解，於是“妳會唱歌我會上臺”“吉祥話抱怨缺點”，結果往往把“爭論”變成“鬧劇”第三是作者和大部分醫療氣功從業者的態度，他們認為氣功是有作用的，但作用不是無限的，而是有限的。以醫療為例，氣功在少數情況下可以起到主導作用，但在大多數情況下只能處於從屬和輔助的地位。
氣功的作用主要是發掘人體的內在潛力，“呼風喚雨”、“點石成金”的能力與氣功無關，即使存在；“穿越時空”、“預知吉兇”之類的詞語，要麽是小說家的想象，要麽是人們美好的願望，與氣功無關。對於人來說，氣功只能為長壽增光添彩，不能使人成為“超人”。所以，關於氣功作用的爭論，其實已經超出了學術範疇。
紀律糾紛
雖然有人認同氣功有用，但否認它是壹門獨立的學科，而是心理學或體育的壹部分。原因是這些人對氣功沒有全面的了解。他們要麽只關註氣功的調節，從而判斷它是心理治療，要麽只看到氣功的調節，從而認為它是壹種運動。另外，也有人把氣功歸為瑜伽和行為醫學的範疇。這和壹段時間以來，人們只看到氣功的調息功能，將其定義為呼吸運動，犯了“眼界小”的錯誤是壹樣的。
其實氣功和上面說的心理學、體育、瑜伽、呼吸操有本質區別。無論在理論上還是操作上，氣功的民族色彩，中國特色，三調融合，都與源於西方，缺少三調的心理學完全不同。至於它們之間的相互借鑒，是學科發展過程中的必然，與學科歸屬無關。這就好比雖然宗教著作中有大量可靠的氣功文獻，也有很多信教的人在修行，但我們不能把氣功等同於宗教。學科的劃分和歸屬應該從理論、方法、操作、功能的內涵入手，而不是僅僅依靠壹筆壹式或者僅僅幾個字。