經過幾年的高速發展，新壹代測序儀終於慢了下來。如今，樣品制備已經成為NGS的壹個新亮點。新的試劑和儀器不斷出現，以縮短時間和提高通量。與此同時，不斷開發新方法來處理更少的樣品，如單細胞。這次，Biolink將帶您去NGS樣品制備中心，看看有哪些新工具可以幫助我們應對樣品制備的挑戰。
即使有各種試劑盒，NGS樣品制備仍然是壹個痛苦的過程，既費時又費力。對於壹個高通量的實驗室來說，那種辛苦，哎，妳懂的。於是，人們把目光投向了那些高端大氣上檔次的自動制備平臺。這些儀器不僅可以將我們從繁瑣的手工操作中解救出來，還可以減少人為錯誤。所以雖然價格高，但是很值得。
目前市場上已經有很多公司推出了自動化樣品制備平臺，包括貝克曼庫爾特和珀金埃爾默(卡尺)。當然，音序器廠商也不甘落後，紛紛推出了自己的配套平臺。今年2月，Illumina在AGBT會議上發布了key-press NeoPrep庫準備系統。
貝克曼·庫爾特
貝克曼庫爾特的NGS文庫制備解決方案包括Spriworks片段文庫系統I-III，分別適用於Illumina基因組分析儀、羅氏GS FLX和Life Tech SOLiD系統。此外，它還引入了高通的SPRIworks HT系統，適用於Illumina的NGS平臺。
SPRIworks System I-III是壹項基於專利的固相可逆固定化(SPRI)技術，可在4-5小時內完成多達10個樣品的文庫制備。該系統由三部分組成:SPRI-TE核酸提取器、用於控制液體處理的方法卡和包含制備文庫所需的所有試劑的試劑盒。實驗所需的所有試劑、吸頭和試管都提供了，所以您只需要準備樣品和接頭。SPRIworks系統自動完成樣品制備的四個關鍵步驟:末端修復、加尾、接頭連接、大小選擇和純化，無需柱純化和凝膠電泳。
SPRIworks HT系統基於貝克曼庫爾特的Biomek？FXP實驗室自動化工作站。它不僅具有與SPRIworks I-III相同的功能，還可以實現PCR體系的建立、純化、標準化和樣品合並。當然，通過各種可選配件，還可以實現DNA剪切和PCR。在不到6個小時的時間裏，它可以處理96個樣本，如果消除大小選擇，它只需要3個小時。大小選擇也有幾種:150-350 bp，250-450 bp，350-700 bp。SPRIworks HT采用了圖形用戶界面，使用起來相當簡單。
珀金埃爾默(卡尺)
Caliper壹直是芯片實驗室技術的領導者，在自動化領域擁有豐富的經驗。近年來，它還在NGS上下遊推出了許多創新產品。2011年9月，Caliper被PerkinElmer收購，去年他們聯手推出了NGS快車。工作站。
這是壹個小巧靈活易用的文庫制備系統，適用於桌面測序儀，如Ion Torrent PGM？以及Illumina的MiSeq系統。該產品配有壹套完整的NGS樣品制備應用程序包，已經過實踐檢驗。因此，即使是新手用戶也可以輕松獲得穩定、高質量的文庫進行測序，從而保證測序數據的質量。當然，有經驗的用戶也可以修改預設的應用程序，以滿足個人需求。
NGS快遞的應用程序配有圖形化的操作界面和分步設置向導，通過圖文結合的方式向用戶展示了從選擇應用程序、確認樣品數量、放置實驗產品等最直觀的指導。系統通量靈活，每批可處理1-24個樣本，保證了按需檢驗和最短的實驗周期。
同時，PerkinElmer還開發了Sciclone NGS工作站，適用於HiSeq等高通量測序平臺。該儀器可實現文庫制備、序列捕獲和標準化，適用於mRNA-Seq、芯片-Seq等應用。每次運行可以處理8-96個樣品，因此每周可以制備480個文庫，或者可以捕獲192個外顯子。此外，珀金埃爾默還提供最具成本效益的澤法NGS工作站、後PCR工作站、LabChip DS和LabChip GX，用於核酸的定量和質量控制。
因美納
在今年的AGBT大會上，Illumina還發布了NeoPrep文庫制備系統。據Illumina網站介紹，該儀器采用數字微流控技術實現按鍵文庫制備。可以明顯簡化TruSeq和Nextera庫的準備過程。更少的步驟，更少的出錯機會，這意味著更多的可重復性。
NeoPrep還可以與Illumina的基因組計算環境BaseSpace集成，提供從樣品制備到測序再到分析的無縫流程。NeoPrep每次運行可以帶來16個準備測序的文庫，壹些樣品低至1 ng。第壹批NeoPrep試劑盒將是TruSeq PCR-free和TruSeq Nano，隨後是其他TruSeq和Nextera試劑盒。這種樂器預計將於今年夏天上市。
當然，新產品還在上市。在AGBT會議上，GenCell Biosystems還推出了完全集成和自動化的桌面文庫制備系統CLiC LP？。據介紹，這款儀器采用了GenCell的復合液體電池(CLC)技術，通過將所有反應密封在油中來模擬自然細胞結構，從而節省了塑料耗材，節省了時間和成本。在不久的將來，我相信我們會有更多更好的選擇。