設區的市、縣級人民政府的水路運輸管理部門或者機構負責本行政區域的水路運輸管理工作。第六條依法成立的水路運輸行業組織應當依照法律、法規和章程的規定，制定行業業務規範和服務標準，建立行業誠信監督和約束機制，組織職業道德教育和業務培訓，對會員的經營行為和服務質量實施自律管理。第二章水路運輸發展第七條省和設區的市人民政府應當根據國民經濟和社會發展的需要，組織編制水路運輸發展規劃。設區的市的水運發展規劃應當符合省水運發展規劃。
水路運輸發展規劃應當與航道規劃、港口規劃、環境保護規劃相銜接，促進航道、港口、船舶和支撐系統的協調發展。第八條縣級以上人民政府在編制土地利用總體規劃和城鄉規劃時，應當統籌考慮水路交通建設項目的空間布局和用地需求。第九條縣級以上人民政府應當根據航道規劃，增強幹線通航能力，改善支流通航條件，促進長江、淮河、新安江幹線和支線航道的省際、跨流域協調發展，推進連接長江三角洲主要港口的高等級航道網建設。第十條與航道有關的建設工程，除法律、行政法規或者國務院規定的防洪、供水等特殊工程外，不得因工程建設降低航道通航條件。
建設與航道有關的工程，建設單位應當依法對建設項目對通航條件的影響進行評估，並報送有審核權的航道管理部門。除國務院交通運輸主管部門審核的建設項目外，規劃確定的四級以上航道上的建設項目由省級航道管理部門審核，其他建設項目由設區的市航道管理部門審核。第十壹條船閘等通航建築物的經營管理者，應當按照所在設區的市航道管理部門批準的方案進行經營，無正當理由不得拒絕船舶通行。
遇有船閘堵塞或可能堵塞影響船舶通行時，船閘等通航建築物的經營管理者應當服從當地航道管理部門的統壹調度。第十二條省人民政府交通運輸主管部門應當會同發展改革、水行政、國土資源等部門，統籌規劃港口岸線資源開發，優化港口布局，促進港口公共資源共享。
設區的市港口行政管理部門應當加強公共碼頭和公共錨地建設，優化碼頭泊位結構，引導碼頭技術升級，推進專業化、集約化、規模化和現代化港區建設。
新建碼頭應當規劃、設計和建設岸基供電設施，已建成碼頭應當逐步實施岸基供電設施改造。船舶停靠後應優先使用岸電。
港口經營人應當按照國家規定建設垃圾接收、轉運和處理設施，提高含油汙水和化學品洗艙水的接收處理能力和汙染事故的應急處置能力。第十三條港口經營人應當為水路運輸經營者、托運人和收貨人自行辦理船舶或者貨物進出港口手續提供便利，不得強行提供有償服務。
港口經營人應當遵守國家有關港口經營價格和收費的規定，並在其經營場所公示收費項目和標準。第十四條鼓勵水路運輸及相關經營者提高裝卸、運輸、倉儲管理等關鍵設備的自動化和信息化水平，提供物流信息服務。第十五條縣級以上人民政府應當制定並組織實施有利於水路交通行業持續健康發展的產業政策措施，促進水路交通與相關產業融合發展，加強跨區域合作，實現信息互通、資源共享、優勢互補。
引導優勢產業項目港口布局，形成產業集聚度高、輻射力強、與沿江、沿淮港口布局相協調的臨港產業經濟。